Metódy (Apríl 2020)

Rýchla a presná korekcia chýb pyroekvencií amplikónu pomocou akácie

Rýchla a presná korekcia chýb pyroekvencií amplikónu pomocou akácie

predmety Bioinformatics Mikrobiálne spoločenstvá sekvenovania Editorovi: Metriky mikrobiálnej diverzity založené na vysoko výkonnom sekvencovaní amplikónu sú kompromitované chybami pri čítaní. Roche 454 GS FLX Titánové pyrosekvenovanie je v súčasnosti najbežnejšie používanou technológiou pre mikrobiálne komunitné štúdie založené na amplikónoch, napriek vysokej miere chybovosti pri inzercii a delécii spojenej s homopolymérom 1, 2 . V súčasnej dobe existujú dva s

Kvantifikácia miestneho rozlíšenia kryo-EM hustotných máp

Kvantifikácia miestneho rozlíšenia kryo-EM hustotných máp

predmety Kryoelektrónová mikroskopia Spracovanie obrazu bielkoviny softvér abstraktné Navrhujeme definíciu lokálneho rozlíšenia pre mapy trojrozmernej elektrónovej kryo-mikroskopie (kryo-EM), ktoré využívajú miestne sínusoidy. Náš algoritmus nemá žiadne bezplatné parametre a je použiteľný na iné zobrazovacie modality vrátane tomografie. Vyhodnotením lokálneho

Vizualizácia údajov: nejednoznačnosť ako spolucestujúci

Vizualizácia údajov: nejednoznačnosť ako spolucestujúci

predmety Bioinformatics Výpočtová biológia a bioinformatika Byť si istý, že je dobrý; byť neistý nemusí byť nevyhnutne zlý. Výskumné tímy pracujú na vizualizácii neistoty. Hlavné Dáta z experimentu sa môžu javiť ako pevné kamene. Po ďalšom preskúmaní sa údaje môžu zmeniť na niečo oveľa menej pevné. Koleno trhavou reakciou na túto h

ProteomeBinders: plánovanie európskeho zdroja afinitných reagencií na analýzu ľudského proteómu

ProteomeBinders: plánovanie európskeho zdroja afinitných reagencií na analýzu ľudského proteómu

Korigendum k tomuto článku bolo uverejnené 1. februára 2007 Tento článok bol aktualizovaný ProteomeBinders je nové európske konzorcium, ktorého cieľom je vytvoriť komplexný zdroj dobre charakterizovaných afinitných reagencií vrátane, ale nielen, protilátok, na analýzu ľudského proteómu. Vzhľadom na obrovskú

Dodatok: Preskúmanie sekvenčných determinantov amyloidnej štruktúry pomocou pozične špecifických bodovacích matíc

Dodatok: Preskúmanie sekvenčných determinantov amyloidnej štruktúry pomocou pozične špecifických bodovacích matíc

predmety Agregácia proteínov Proteínové sekvenovanie Proteómová informatika Pôvodný článok bol uverejnený 14. februára 2010 Nat. Methods 7 , 237 - 242 (2010); uverejnené online 14. februára 2010; dodatok uverejnený po tlači 29. septembra 2010. Po uverejnení nášho príspevku sme v tabuľke 1 zistili chybu v porovnaní nášho programu Waltz s programom 3D profil 1 (odkaz 25 v našom dokumente); v pravom stĺpci sme uviedli nesprávne meno a odkaz na algoritmus. Táto chyba bola po tlači

Plazmidy: nakupovanie v hojnom veku

Plazmidy: nakupovanie v hojnom veku

predmety Cytologické techniky Funkčná genomika Solárne bunky technológie Správa, zdieľanie a kontrola kvality plazmidov môže byť jednoduchá. Mnohé techniky na ich šírenie však nie sú v mierke, čo vedie neziskové organizácie a spoločnosti k objavovaniu nových možností. Hlavné Existuje mnoho spôsobov, ako „nakupovať“ plazmidy, extrachromozomálnu cirkulárnu DNA nachádzajúcu sa v baktériách a niektorých eukaryotických bunkách. Plazmidy prijímajú a ľahko replikujú

Čím menšie, tým lepšie

Čím menšie, tým lepšie

Biológovia sa čoraz viac zaujímajú o prístupy s jednou molekulou. V tomto čísle časopis Focus poskytuje sprievodcu biológa k tejto relatívne novej oblasti a dva články predstavujú pokrok vo vizualizácii nanomateriálov. Ak chcete zobraziť a uverejniť komentáre k tomuto článku, navštívte stránku Metagora . Schopnosť analyzovať

Korigendum: Presná identifikácia jedno-nukleotidových variantov v celých genómových amplifikovaných samostatných bunkách

Korigendum: Presná identifikácia jedno-nukleotidových variantov v celých genómových amplifikovaných samostatných bunkách

Pôvodný článok bol uverejnený 20. marca 2017 Nat. Methods 14 , 491 - 493 (2017); uverejnené online 20. marca 2017; opravené po tlači 13. októbra 2017 V pôvodnej verzii tohto článku, Lodato, MA a kol . Science 350 , 94 - 98 (2015) (odkaz 2) bol citovaný ako príklad jednobunkovej sekvenčnej štúdie s vysokými CG-na-TA prechodmi, ktorá používa tepelnú lýzu. Pri tejto práci sa vš

Produkty Thermo Scientific umožňujú aplikáciu najmodernejších kmeňových buniek

Produkty Thermo Scientific umožňujú aplikáciu najmodernejších kmeňových buniek

abstraktné Portfólio Thermo Scientific Stem Cell Excellence obsahuje mnoho produktov nevyhnutných pre úspešný výskum kmeňových buniek. Výrobky, ktoré používajú vedci na podporu špičkových aplikácií v laboratóriách na celom svete, poskytujú produkty v portfóliu vynikajúcich kmeňových buniek presnosť a spoľahlivosť požadovanú na podporu tejto priekopníckej výskumnej oblasti. Tu opisujeme použitie niekoľkýc

Mikroskopia: videnie cez tkanivo

Mikroskopia: videnie cez tkanivo

predmety Bunková neuroveda Fluorescenčné zobrazovanie technológie Vzorky tkanív rozptyľujú svetlo a vypínajú hlbší pohľad. Agenti na čistenie tkanív to zmenili, ale vedci musia pri použití týchto metód zvážiť optimalizáciu optiky. Hlavné Nemecký anatóm Werner Spalteholz, ktorý študoval príčiny srdcových záchvatov, vyvinul spôsob, ako zafarbiť srdcové tkanivo zmesou benzylalkoholu a metylsalicylátu. Na výstave v roku 1911 vystavil 3

Korigendum: Masívne paralelná mutagenéza s jednou aminokyselinou

Korigendum: Masívne paralelná mutagenéza s jednou aminokyselinou

Pôvodný článok bol uverejnený 5. januára 2015 Nat. Methods 12 , 203 - 206 (2015); uverejnené online 5. januára 2015; opravené po tlači 10. apríla 2017 Vo verzii tohto článku pôvodne publikovanej, jednotka (nM) pre koncentráciu dUTP opísaná v časti „Príprava šablóny štandardného typu“ v online metódach bola nesprávna. Správna jednotka by mala by

Inteligentne navrhnutá reakcia

Inteligentne navrhnutá reakcia

Vedci sú čoraz častejšie vyzývaní, aby diskutovali o mýte inteligentného dizajnu ako vedeckej teórie. Ak chcete zobraziť a uverejniť komentáre k tomuto článku, navštívte stránku Metagora . O niečo viac ako rok pred oslavou bicentennického obdobia Darwinovho narodenia je anti-darwinský aktivizmus živý a dobrý. Najzákernejšie hnutie

Mikrofluidika: pri hľadaní vraha

Mikrofluidika: pri hľadaní vraha

Spoločnosti a akademickí výskumníci vyvíjajú stále viac mikrofluidných zariadení. To, čo technologické zainteresované strany skutočne chcú, je však aplikácia, ktorá bude viesť k rozsiahlemu prijatiu mikrofluidík biológmi. Nathan Blow správy. Oblasť mikrofluidík je teraz v štádiu, v ktorom sa hľadá „zabijácka aplikácia“ alebo „zabijácka aplikácia“, ako hovoria ľudia z počítačov. V posledných desiatich rokoch sa mikroflu

Malé RNA: odvážny nový svet biológie

Malé RNA: odvážny nový svet biológie

Malé snahy o objavenie a profilovanie RNA dramaticky pretvárajú základné pojmy regulácie génov a vedú k novým nástrojom na štúdium génových funkcií. Schopnosť dvojvláknovej RNA umlčať gény bola prvýkrát opísaná v Caenorhabditis elegans v roku 1998 - objav, ktorý by získal Andrewovi Fireovi a Craigovi Mellovi za Nobelovu cenu za rok 2006 vo fyziológii alebo medicíne. Naše vedomosti o malom sve

Vŕtanie do veľkých údajov o rakovinovom genóme

Vŕtanie do veľkých údajov o rakovinovom genóme

predmety Bioinformatics Rakovina genomika Konzorciá, ktoré pripravujú cesty cez dátové hory, vyvíjajú pracovné postupy a nástroje pre široké využitie. Hlavné Genetický pracovník v oblasti rakoviny Matthew Meyerson, ktorý je členom Dana-Farberovho inštitútu pre rakovinu a Broad Institute of MIT and Harvard, sleduje, ako nádory spôsobujú chaos v usporiadaných bunkách. Chce do svojho plánu v

Rýchla, vysoko výkonná príprava knižnice na sekvenovanie novej generácie

Rýchla, vysoko výkonná príprava knižnice na sekvenovanie novej generácie

predmety Chemické knižnice Sekvenovanie novej generácie abstraktné Pokroky v sekvenovaní novej generácie viedli k novým metódam prípravy knižníc kompatibilných s viacerými platformami sekvencovania. Súčasné metódy (mechanické aj enzymatické) čelia obmedzeniam: viacstupňové protokoly, strata vzoriek, nedostatok automatizácie a mzdové náklady. S pokračujúcim poklesom

Mikrobiológia: čo najlepšie skreslenie PCR

Mikrobiológia: čo najlepšie skreslenie PCR

predmety metagenomiky microbiome Techniky založené na PCR Výsledky široko používanej amplifikačnej techniky na analýzu mikrobiónov môžu skresliť mnohé faktory, ale vedci hľadajú stratégie na získanie pravdy. Hlavné Predstavte si, že držíte fľaštičku s vodou, ktorá sa plazí s mikróbmi - a to je dobrá vec, pretože robíte sčítanie nespočetných mikroskopických obyvateľov jazera, z ktorého ste túto vodu získali. Ako by ste však mali uskutočniť pries

Malé dýchacie cesty na čipe umožňujú analýzu zápalu pľúc u ľudí a reakcií na lieky in vitro

Malé dýchacie cesty na čipe umožňujú analýzu zápalu pľúc u ľudí a reakcií na lieky in vitro

predmety cytokíny Lab-on-a-chip Dýchanie Translačný výskum abstraktné Tu popisujeme vývoj „malých pľúcnych dýchacích ciest na čipe“, ktorý obsahuje diferencovaný mukociliárny bronchiálny epitel a podkladový mikrovaskulárny endotel, ktorý zažije tok tekutín, čo umožňuje analýzu pľúcnej patofyziológie pľúc na úrovni orgánov. Expozícia epitelu interleukínu-13 (

Miera reprodukovateľnosti

Miera reprodukovateľnosti

predmety Biologické techniky Údaje z výskumu Jasná predstava o výkonnosti - silných stránkach, ale aj limitoch - biologických výskumných metód je rozhodujúca pre získanie spoľahlivých údajov, ktoré sú ostatní schopní reprodukovať. Schopnosť replikovať a stavať na práci iných vedcov alebo upravovať svoje nápady, keď údaje naznačujú niečo iné, je súčasťou skalného podložia podporujúceho vedecký proces. Ale vzhľadom na počet premenných - veľa

Kde sú údaje?

Kde sú údaje?

predmety Vydavateľstvo Prírodné metódy teraz vyžadujú, aby sa k výskumným dokumentom poskytovali vyhlásenia o dostupnosti údajov. Keďže výskumná komunita zahŕňa zdieľanie údajov, akademické časopisy môžu prispieť svojou pomocou. Od tohto mesiaca budú všetky výskumné práce akceptované na uverejnenie v publikácii Nature , Nature Methods a 11 ďalších prírodných názvov obsahovať informácie o tom, či a ako môžu čitatelia získať prístup k podkladovým údajom. V týchto vyhláseniach sa uvedie dostupnosť „m

Značenie rodiaceho sa proteómu in vivo

Značenie rodiaceho sa proteómu in vivo

predmety Proteome Proteomická analýza proteomiky Alvarez-Castelao, B. a kol . Nat. Biotechnol. 35 , 1196 - 1201 (2017). Metódy označovania novo syntetizovaných proteínov umožňujú vedcom vyloviť proteíny z buniek na identifikáciu pomocou techník, ako je napríklad hmotnostná spektrometria. Mutantný meti

Korigendum: Porovnávacia vizualizácia vzťahov medzi genotypom a fenotypom

Korigendum: Porovnávacia vizualizácia vzťahov medzi genotypom a fenotypom

Pôvodný článok bol uverejnený 30. júla 2015 Nat. Methods 12 , 698 - 699 (2015); uverejnené online 30. júla 2015; opravené po tlači 24. septembra 2015 V pôvodnej verzii tohto článku bol zdroj financovania vynechaný. Autori uznávajú dodatočné financovanie od Rady pre lekársky výskum (program MC_U142684171). Chyba bola opraven

Skladovanie DNA a RNA v suchom stave pri izbovej teplote

Skladovanie DNA a RNA v suchom stave pri izbovej teplote

abstraktné Voda skracuje trvanlivosť DNA. Integrita biologických vzoriek je otázna pre vzorky uložené vo vlhkom prostredí z dôvodu pretrvávajúceho rizika hydrolýzy DNA, a to aj pri nízkych teplotách. Spoločnosť GenVault vyvinula sadu produktov, ktoré zahŕňajú GenPlates ™, GenSolve ™, GenTegra ™ Tubes a GenConnect ™ na ukladanie a správu biologických vzoriek v suchu a pri izbovej teplote (25 ° C). Spoločnosť GenVault presúva

Hmotnostná spektrometria: dobehnutie

Hmotnostná spektrometria: dobehnutie

Hmotnostná spektrometria je viac ako kedykoľvek predtým v popredí výskumu funkčných proteomík. Táto technológia prešla dlhú cestu, ale čo drží budúcnosť? Nathan Blow získava perspektívy, predpovede a želania od kľúčových vývojárov. „V poslednom desaťročí sme videli hlavne vylepšenia existujúcich technológií, “ hovorí Franz Hillenkamp z Munsterskej univerzity. John Yates z výskumného inštitútu Sc

Stručný sprievodca publikáciou

Stručný sprievodca publikáciou

Predloženie alebo opätovné odoslanie rukopisu - niektoré dôležité kroky a rozhodnutia. Ak chcete zobraziť a uverejniť komentáre k tomuto článku, navštívte stránku Metagora . Cesta k publikácii je pre niektorých vedcov dobre zbitá, ale skôr sa javí skôr ako temná neoznačená cesta k iným. Pomáha to vedieť, čo mo

Hmotnostná spektrometria pre biológov

Hmotnostná spektrometria pre biológov

predmety Hmotnostná spektrometria proteomiky Proteomika založená na hmotnostnej spektrometrii sa stále rýchlo rozširuje nielen z hľadiska metód a nástrojov, ale aj z hľadiska biologických otázok. Carol Robinson prvýkrát použila hmotnostný spektrometer ako teenager na začiatku sedemdesiatych rokov. Pamätá si vysok

Zdroje variácie

Zdroje variácie

predmety Údaje z výskumu Štatistické metódy abstraktné Aby sme zovšeobecnili závery pre populáciu, musíme vzorkovať jej variácie. Hlavné Pri pokusoch je variabilita nevyhnutná z dôvodu biologických aj technických účinkov. Zatiaľ čo technická variabilita by sa mala prísne kontrolovať, aby sa zvýšila vnútorná platnosť výsledkov, je potrebné zachovať niektoré druhy biologickej variability, aby sa umožnilo zobecnenie výsledkov pre príslušnú populáciu. Experimentálna kontrola, randomizácia

Humanizovaná fenotypová skríningová platforma pre chronickú bolesť

Humanizovaná fenotypová skríningová platforma pre chronickú bolesť

predmety Chronická bolesť Fenotypový skríning abstraktné Spoločnosti Censo Biotechnologies a Cellectricon sa spojili, aby vyvinuli prvú platformu na objavenie humanizovaných liekov zameranú na chronickú bolesť. Táto platforma je založená na ľudských neuronoch odvodených z pluripotentných kmeňových buniek v kombinácii so skríningovým systémom Cellectricon Cellaxess® Elektra. Kombinácia vysoko funkč

Štrukturálna genomika v centre pozornosti

Štrukturálna genomika v centre pozornosti

Úsilie o štrukturálnu genomiku podnietilo pokračujúci vývoj nových metód a technológií, z čoho profitovala široká komunita. Ak chcete zobraziť a uverejniť komentáre k tomuto článku, navštívte stránku Metagora . Jednou z mnohých oblastí výskumu, ktorá začala s genómovými projektmi, je oblasť známa ako štrukturálna genomika, vysoko výkonné úsilie o riešenie trojrozmerných proteínových štruktúr. V súčasnosti sa približne polovica nový

Erratum: Celotelový imunoPET odhaľuje aktívnu dynamiku SIV v makakoch liečených vírusovou a antiretrovírusovou liečbou.

Erratum: Celotelový imunoPET odhaľuje aktívnu dynamiku SIV v makakoch liečených vírusovou a antiretrovírusovou liečbou.

Pôvodný článok bol uverejnený 9. marca 2015 Nat. Methods 12 , 427 - 432 (2015); uverejnené online 9. marca 2015; opravené po tlači 11. júna 2015 V pôvodne uverejnenej verzii tohto článku bolo meno Emmeline L. Blanchard nesprávne napísané ako Emeline. Chyba bola opravená v HTML a PDF verziách článku. Autori Hľadať Phi

Akademický skríning je vysoko výkonný

Akademický skríning je vysoko výkonný

predmety Podnikanie a priemysel Vysoko výkonný skríning Vedecká komunita Vytvorenie efektívnych obrazoviek si vyžaduje čas, skepticizmus a dôkladné kompromisy. Vedci z akademických skríningových centier vytvárajú testy na projekty, ktorých sa veľké farmaceutické spoločnosti zdráhajú dotknúť. Impulz pre skríningov

Objektívne porovnanie metód sledovania častíc

Objektívne porovnanie metód sledovania častíc

predmety Fluorescenčné zobrazovanie Spracovanie obrazu mikroskopia abstraktné Sledovanie častíc má kľúčový význam pre kvantitatívnu analýzu intracelulárnych dynamických procesov z časových snímok mikroskopických obrazových údajov. Pretože manuálne zisťovanie a sledovanie veľkého počtu jednotlivých častíc nie je uskutočniteľné, mnohé skupiny vyvinuli pre tieto úlohy automatizované výpočtové metódy. S cieľom vykonať objektívne porovnanie

Vzorkovanie distribúcií a bootstrap

Vzorkovanie distribúcií a bootstrap

predmety Údaje z výskumu abstraktné Bootstrap sa môže použiť na posúdenie neistoty odhadov vzoriek. Hlavné Už sme diskutovali o dôležitosti odhadu neistoty pri našich meraniach a začlenení do analýzy údajov 1 . Aby sme vedeli, do akej miery môžeme zovšeobecniť svoje pozorovania, musíme vedieť, ako sa náš odhad líši v závislosti od vzoriek a či je ovplyvnený (systematicky nadhodnocovať alebo podceňovať skutočnú hodnotu). Bohužiaľ, môže byť ťažké posúdiť

Takže píšete papier

Takže píšete papier

predmety Vydavateľstvo Písanie jasných, presných a presvedčivých vedeckých prác je umením aj zručnosťou. Je to jeden, ktorý stojí za to zvládnuť. V sedemnástom storočí, začiatkom dejín modernej experimentálnej vedy, sa objavy typicky šírili iba v rámci vybranej skupiny (S. Shapin, Sociálna história pravdy , Univ. Chicago Press; 1994). Dn

Štúdia so vzorkou HUPO odhaľuje bežné problémy v proteomike založenej na hmotnostnej spektrometrii

Štúdia so vzorkou HUPO odhaľuje bežné problémy v proteomike založenej na hmotnostnej spektrometrii

Korigendum k tomuto článku bolo uverejnené 1. júla 2009 Tento článok bol aktualizovaný abstraktné Uskutočnili sme štúdiu testovacích vzoriek, aby sme sa pokúsili identifikovať chyby vedúce k nereprodukovateľnosti vrátane neúplnosti vzorkovania peptidov v proteomike založenej na kvapalinovej chromatografii - hmotnostnej spektrometrii. Distribuovali sme

Skríning: vek rýb

Skríning: vek rýb

predmety imaging Microfluidics premietanie zebrafish Pokrok v mikrofluidike a zobrazovaní v kombinácii s niektorými vysokými profilmi štúdií zvyšuje záujem o skríning celého organizmu. Randall Peterson nevstúpil do plánovania postgraduálnych škôl pre prácu s zebrafish. Namiesto toho sa snažil pochopiť, ako imunosupresívne liečivo rapamycín interaguje s mTOR, jeho cicavčím proteínovým cieľom, o ktorom je teraz známe, že integruje bunkové signálne dráhy, ktoré riadia všetko od bunkovej motility po syntézu proteínov. V mesiacoch pred získaním titulu P

Korigendum: Využívanie terciárnej štruktúry miestnymi záhybmi na kryštalografické fázovanie

Korigendum: Využívanie terciárnej štruktúry miestnymi záhybmi na kryštalografické fázovanie

Pôvodný článok bol uverejnený 15. septembra 2013 Nat. Methods 10 , 1099-1101 (2013); uverejnené online 15. septembra 2013; opravené po tlači 5. mája 2014 V pôvodne publikovanej verzii tohto článku autori neuznali všetkých ľudí zapojených do generovania kryštalografických údajov AF1503 z A. fulgidus . Tieto d

Imunoanalýzy AlphaLISA: alternatíva bez premývania k testom ELISA na výskum a objav liekov

Imunoanalýzy AlphaLISA: alternatíva bez premývania k testom ELISA na výskum a objav liekov

abstraktné Imunoanalýzy na báze perličiek AlphaLISA® založené na perličkách sú určené na detekciu analytov v biologických vzorkách. Tieto chemiluminiscenčné testy bez premývania sú ideálne pre miniaturizáciu a automatizáciu. Vykazujú pozoruhodnú citlivosť, široký dynamický rozsah a robustný výkon, ktorý sa výhodne porovnáva s konvenčným enzýmovým imunosorbentovým testom (ELISA). Hlavné ELISA je najčastejšie použív

Proteínové inžinierstvo: navigácia medzi náhodou a dôvodom

Proteínové inžinierstvo: navigácia medzi náhodou a dôvodom

predmety Chemické knižnice Proteínové inžinierstvo Vedci používajú veľké knižnice, sústredené knižnice a racionálny návrh na vývoj užitočných proteínov. Proteínové inžinierstvo sa používa na vytváranie protilátkových liekov, veľmi jasných fluorescenčných proteínov a enzýmov, ktoré znižujú toxický odpad. Genentechovo liečivo na makulárnu deg

Optimalizovaná metóda prípravy knižnice pre postupné generovanie

Optimalizovaná metóda prípravy knižnice pre postupné generovanie

abstraktné Nástup sekvencovania ďalšej generácie umožnil analýzu genómu v predtým nedosiahnuteľnej hĺbke. Roche, Illumina a Life Technologies, okrem iného, ​​vyvinuli dobre zavedené platformy pre hlboké sekvencovanie. Bez ohľadu na nástroj je jedným z problémových miest pre ďalšiu generáciu sekvencií množstvo času a zdrojov potrebných na prípravu šablón a knižníc. V tejto časti popisujeme technoló

Kritické hodnotenie interpretácie metagenomov - meradlo softvéru metagenomiky

Kritické hodnotenie interpretácie metagenomov - meradlo softvéru metagenomiky

predmety Klasifikácia a taxonómia Výpočtová biológia a bioinformatika metagenomiky abstraktné Metódy zostavovania, taxonomického profilovania a binovania sú kľúčom k interpretácii údajov metagenómu, ale nedostatok konsenzu o porovnávaní komplikuje hodnotenie výkonnosti. Výzva Critical Assessment of Metagenome Interpretation (CAMI) zapojila globálnu vývojovú komunitu, aby porovnala svoje programy s vysoko komplexnými a realistickými súbormi údajov, ktoré boli vygenerované zo 700 novo sekvenovaných mikroorganizmov a 600 nových vírusov a plazmidov a ktoré predstavujú bežné experimentálne nastaveni

Erratum: Sledovanie štrukturálnej dynamiky proteínov v roztoku pomocou časovo rozlíšeného širokouhlého röntgenového rozptylu

Erratum: Sledovanie štrukturálnej dynamiky proteínov v roztoku pomocou časovo rozlíšeného širokouhlého röntgenového rozptylu

Pôvodný článok bol uverejnený 21. septembra 2008 Nat. Methods 5 , 881 - 886 (2008); uverejnené online 21. septembra 2008; opravená po tlači 29. septembra 2008. V pôvodnej verzii tohto článku je časový rozsah uvedený v legende na obrázku 2d nesprávny. Správna časová stupnica by mala byť 3 μs. Okrem toho je časov

Kmeňové bunky: modely chorôb, ktoré sa prejavujú a rozprávajú

Kmeňové bunky: modely chorôb, ktoré sa prejavujú a rozprávajú

predmety Bunková kultúra Génové zacielenie Indukované pluripotentné kmeňové bunky Reportérové ​​gény Vedecká komunita Kmeňové bunky abstraktné Kombinácia techník úpravy génov s indukovanými pluripotentnými kmeňovými bunkami je silná a zložitá. Hlavné Bunky vyzerali krásne - a to bola zlá správa, spomína si Clive Svendsen, výskumník kmeňových buniek a neurobiológ v zdravotníckom centre Cedars-Sinai. Vyvíjal bunkový model chorôb pre spinál

Zamerajte sa na mapovanie mozgu

Zamerajte sa na mapovanie mozgu

predmety imaging Neuroscience Vizualizácia funkčnej konektivity v ľudskej mozgovej kôre na základe zobrazovacích údajov magnetickej rezonancie. Obrázok mozgu Joachima Böttgera a Daniela Marguliesa (Inštitút Maxa Plancka pre kognitívne a mozgové vedy, Lipsko, Nemecko) s kompozičnou pomocou Tobiasa S. Hoffmanna. Z

Hmotnostná spektrometria pre chromatínovú biológiu

Hmotnostná spektrometria pre chromatínovú biológiu

predmety chromatínu Analýza histónov Hmotnostná spektrometria Na objavenie nových histónových znakov a interakcií sa vedci obracajú k sofistikovaným nástrojom proteomiky. Hlavné Vyšetrovatelia, ktorí majú v úmysle narušiť jeden kód, môžu prehliadnuť iný. Takže v časoch, keď sa predpokladalo, že samotná sekvencia DNA obsahuje všetky bunkové tajomstvá, boli históny, proteínové jadrá, ktoré navíjajú DNA, odstránené len o málo viac ako pasívny obalový materiál. Teraz sa tento obalový materiál študuje ak

Po drôtoch

Po drôtoch

Erratum k tomuto článku bolo uverejnené 1. januára 2008 Vedci mohli konečne vyvinúť techniky na rekonštrukciu kompletných schém zapojenia pre neurónové obvody ľudského mozgu. Nathan Blow správy. V 80. rokoch 20. storočia začal Santiago Ramón y Cajal skúmať štruktúru ľudského mozgu na bunkovej úrovni. O viac ako 100 rokov ne

Vedec a smartphone

Vedec a smartphone

predmety Matematika a výpočty Mobilné počítačové platformy, ako napríklad iPhone, začínajú prichádzať do laboratória - vážne vyhliadky alebo rozprávky? Ak chcete zobraziť a uverejniť komentáre k tomuto článku, navštívte stránku Metagora . Kedysi sa telefóny používali výlučne na konverzáciu s inými ľuďmi a počítače spúšťali softvérové ​​aplikácie. Počítač sa stal nepostrádateľným nástrojom v

Zhromaždenie genómu de novo: čo by mal vedieť každý biológ

Zhromaždenie genómu de novo: čo by mal vedieť každý biológ

predmety Bioinformatics Algoritmy zostavenia genómu Keďže sa od začiatku zhromažďuje viac genómov, vedci sa snažia posúdiť a zlepšiť ich kvalitu. Hlavné Na otázku, aký je vyspelý odbor v oblasti zostavovania genómu, Ian Korf z Kalifornskej univerzity v Davise ho porovnáva s tínedžerom so skvelými schopnosťami. "Má odvážne tvr

Korigendum: Porovnávacia analýza metód sekvenovania RNA pre vzorky degradované alebo s nízkym vstupom

Korigendum: Porovnávacia analýza metód sekvenovania RNA pre vzorky degradované alebo s nízkym vstupom

predmety RNA sekvenovanie Transkriptomika Pôvodný článok bol uverejnený 19. mája 2013 Nat. Methods 10 , 623 - 629 (2013); uverejnené online 19. mája 2013; opravené po 2. decembri 2013 Vo verzii tohto článku pôvodne uverejnenej v časti „Metódy online„ Knižnice RNase H “online by sa veta začínajúca„ Pridali sme 5 μl predhriatej RNázy H .... “mala prečítať„ Pridali

Nástroje neurovedy: poznatky o mozgu

Nástroje neurovedy: poznatky o mozgu

Vedci v dvoch bostonských neurovedeckých centrách pracujú na vývoji nových zobrazovacích nástrojov a technológií s nádejou, že objavia tajomstvá, ako mozog funguje. Počas týždňa cestuje neurovedec Harvardskej univerzity Randy Buckner niekoľkokrát medzi svojimi dvoma kanceláriami v Bostone, jednu v Centre pre biomedicínske zobrazovanie Martinos v Charlestowne a druhú cez rieku v Cambridge v hlavnom kampuse na Harvardskej univerzite. V Martinosovom centr

Stiahnutie: Neočakávané mutácie po úprave CRISPR – Cas9 in vivo

Stiahnutie: Neočakávané mutácie po úprave CRISPR – Cas9 in vivo

Pôvodný článok bol uverejnený 30. mája 2017 Nat. Methods 14 , 547 - 548 (2017); uverejnené online 30. mája 2017; aktualizované online 14. júna 2017; opravené online 25. júla 2017; stiahnuté späť 30. marca 2018 Tento článok sa sťahuje, pretože genomické varianty pozorované autormi u dvoch myší liečených CRISPR sa nedajú jednoznačne pripísať CRISPR – Cas9. Tento príspevok bol recenzova

Neparametrické testy

Neparametrické testy

predmety Údaje z výskumu Štatistické metódy Korigendum k tomuto článku bolo uverejnené 27. júna 2014 Tento článok bol aktualizovaný Neparametrické testy robustne porovnávajú skreslené alebo hodnotené údaje. Videli sme, že test t je robustný, pokiaľ ide o predpoklady o normálnosti a rovnocennosti 1, a preto je široko uplatniteľný. Existuje ďalšia trieda

Volanie novej generácie afinitných reagencií

Volanie novej generácie afinitných reagencií

predmety Tvorba protilátok Chemické náradie Laboratórny život technológie Pokiaľ ide o doplnky k protilátkam, nové reagenty na cieľové proteíny vyžadujú rozsiahle typy experimentov. Hlavné Keby boli pripravené iba reagencie, ako sú protilátky, stabilné po mnoho rokov, univerzálne, obnoviteľné a lacné a mohli by vedci dovoliť, aby sa dotazovali na skóre proteínov naraz. Môže to znieť ako denné

Porovnávanie vzoriek - časť I

Porovnávanie vzoriek - časť I

predmety Vydavateľstvo Údaje z výskumu Štatistické metódy Robustné porovnávanie párov nezávislých alebo príbuzných vzoriek vyžaduje rôzne prístupy k t- testu. Medzi najbežnejšie typy experimentov patria porovnávacie štúdie, ktoré porovnávajú výsledky za rôznych podmienok, ako je muž proti verzii ženy, placebo proti lieku alebo pred liečbou alebo po liečbe. Analýza týchto experimentov

Clustering

Clustering

predmety Dolovanie dát Spracovanie dát Zhlukovanie nájde vzory v údajoch - či už sú alebo nie sú. Mnoho biologických analýz zahŕňa rozdelenie vzoriek alebo premenných do zhlukov na základe podobnosti alebo jej opačnej vzdialenosti. Napríklad v štúdii génovej expresie by sme mohli hľadať podskupiny pacientov s podobnou expresiou alebo zvoliť komplementárny prístup a identifikovať podobne exprimované gény medzi pacientmi. Zhlukovanie je druh učeni

Samostatná verzia SENSOLUX®: neinvazívne stanovenie pH a DO v trepacích bankách

Samostatná verzia SENSOLUX®: neinvazívne stanovenie pH a DO v trepacích bankách

abstraktné Určenie rastových kinetických parametrov počas včasného vývoja procesu má zásadný význam. Čím viac informácií sa získa, tým viac stratégií optimalizácie sa môže použiť na generovanie vysoko produktívnych bunkových línií. Nová technológia SENSOLUX® umožňuje optické a neinvazívne meranie pH a saturácie rozpusteného kyslíka v trepačkách. Táto technológia poskytuje jednoduchú m

Dobrý rozhodca

Dobrý rozhodca

predmety Biologické techniky Vydavateľstvo Rozhodcovia poskytujú neoceniteľnú službu v oblasti rozvoja vedy. Ponúkame vám nejaké jedlo na zamyslenie nad tým, ako efektívne peer review metódy metódy. Ako rozhodca viete, že posudzovanie práce niekoho iného nie je ľahké a vyžaduje si značný čas a starostlivosť. Ako autor ste pravdep

Kvantitatívna zobrazovacia cytometria: prístrojové vybavenie pre automatizovanú analýzu buniek a tkanív

Kvantitatívna zobrazovacia cytometria: prístrojové vybavenie pre automatizovanú analýzu buniek a tkanív

predmety Bunkové zobrazovanie Prietoková cytometria abstraktné Laserová skenovacia cytometria (LSC) je technológia voľby pre automatizovanú kvantitatívnu analýzu s vysokým obsahom heterogénnych bunkových vzoriek a vzoriek tkanív s vysokým výkonom. LSC dopĺňa prietokovú cytometriu, čo umožňuje analýzu vzoriek pripojených k tuhým substrátom, ako sú napríklad adherentné bunky a vzorky tkanív. Rozširuje tiež konfokálne z