Isme journal (Apríl 2020)

Transkripčné a antagonistické reakcie Pseudomonas fluorescens Pf0-1 na fylogeneticky odlišné bakteriálne konkurenty

Transkripčné a antagonistické reakcie Pseudomonas fluorescens Pf0-1 na fylogeneticky odlišné bakteriálne konkurenty

predmety baktérie Ekológia spoločenstva Génová expresia Mikrobiálna ekológia abstraktné Schopnosť pôdnych baktérií úspešne konkurovať množstvu iných mikrobiálnych druhov je rozhodujúca pre ich rast a prežitie v pôdnom prostredí s obmedzeným obsahom živín. V predloženej práci sme študovali správanie a transkripčné reakcie pôdy Pseudomonas fluorescens fluorescens Pf0-1 obývajúcej pôdu na agare chudobnom na výživu na konfrontáciu s kmeňmi troch fylogeneticky odlišných bakteriálnych rodov, tj Bacillus , Brevundimonas a Pedobacter . Konkurencia o výživné látky bola zrejmá,

Metatranscriptomická analýza autonómne zozbieraných a konzervovaných morských bakterioplanktónov

Metatranscriptomická analýza autonómne zozbieraných a konzervovaných morských bakterioplanktónov

predmety Génová expresia Mikrobiálna biooceanografia Transkriptomika abstraktné Planktonická mikrobiálna aktivita a štruktúra komunity sú dynamické a môžu sa dramaticky meniť v časových rozsahoch hodín až dní. Z logistických dôvodov je však táto časová škála v morskom prostredí zvyčajne nedostatočne vzorkovaná. S cieľom uľahčiť dlhodobé po

Zloženie mikrobiálnej komunity v sedimentoch odoláva narušeniu výživným obohatením

Zloženie mikrobiálnej komunity v sedimentoch odoláva narušeniu výživným obohatením

predmety biodiverzita biogeochemistry Ekológia ekosystémov Mikrobiálna ekológia abstraktné Očakáva sa, že funkčná redundancia v bakteriálnych komunitách umožní mikrobiálnym skupinám prežiť poruchu tým, že umožní kontinuitu fungovania napriek zmenám v zložení v komunitách. Najnovšie dôkazy však naznačujú, že mikrobiálne spoločenstvá v dôsledku poruchy menia zloženie aj funkciu. Predstavujeme dôkaz pre tretiu odpo

Účinky ošetrenia vzoriek na regeneráciu genómu prostredníctvom jednobunkovej genomiky

Účinky ošetrenia vzoriek na regeneráciu genómu prostredníctvom jednobunkovej genomiky

predmety Bakteriálna genomika metagenomiky abstraktné Jednobunková genomika je výkonným nástrojom na prístup ku genetickým informáciám z nekultivovaných mikroorganizmov. Metódy manipulácie so vzorkami pred jednobunkovou genómovou amplifikáciou môžu ovplyvniť kvalitu získaných genómov. Použitím troch bakt

Vírusy sa hromadia v starnúcich infekčných centrách plesňového lesného patogénu

Vírusy sa hromadia v starnúcich infekčných centrách plesňového lesného patogénu

predmety Mikrobiálna ekológia Korigendum k tomuto článku bolo uverejnené 20. januára 2015 Tento článok bol aktualizovaný abstraktné Predpokladá sa, že plesňové vírusy (mykovírusy) s RNA genómami nemajú extracelulárne infekčné častice. Tieto vírusy sa prenášajú laterálne medzi plesňovými kmeňmi prostredníctvom myceliálnych anastomóz alebo vertikálne prostredníctvom infikovaných spór, ale o ich prevalencii a spôsoboch rozptylu v prírodných podmienkach je známe málo. Tu sme podrobne skúmali priestorové a ča

Zostavy tintinnidov bohaté na druhy (morské planktónové protisty) sú štruktúrované podľa veľkosti úst

Zostavy tintinnidov bohaté na druhy (morské planktónové protisty) sú štruktúrované podľa veľkosti úst

predmety biodiverzita Mikrobiálna ekológia taxonómie abstraktné Mnoho mikrobiálnych taxónov v morskom planktóne sa javí ako druhovo bohatých druhov nasýtených. Tu uvádzame čiastočné vysvetlenie analýzou toho, ako sú druhy organizované, druhové balenie z hľadiska taxonómie a morfológie. Zamerali sme sa na d

Pripojiteľnosť k povrchu určuje diverzitné vzory v podpovrchových kolektoroch fennoscandského štítu

Pripojiteľnosť k povrchu určuje diverzitné vzory v podpovrchových kolektoroch fennoscandského štítu

predmety Mikrobiálne spoločenstvá Ekologické siete Mikrobiálna ekológia Pôvodný článok bol uverejnený 29. marca 2016 Oprava: časopisu ISME (2016) 10, XX – XX; doi: 10, 1038 / ismej.2016.36 Aktualizované online 9. júna 2016: Tento článok bol pôvodne publikovaný na základe licencie NPG na publikovanie, ale teraz bol sprístupnený na základe licencie CC BY-NC-ND 4.0. Verzie PDF a HTML bo

Podobnosti a sezónne zmeny bakteriálnych spoločenstiev z krvi hlodavcov az ich blchových vektorov

Podobnosti a sezónne zmeny bakteriálnych spoločenstiev z krvi hlodavcov az ich blchových vektorov

predmety Ekológia spoločenstva abstraktné Mikróby prenášané vektormi podliehajú ekologickým obmedzeniam dvoch odlišných mikroprostredí: v vektore článkonožcov a v krvi hostiteľa stavovcov. Pretože štruktúra bakteriálnych spoločenstiev v týchto dvoch mikroprostrediach môže podstatne ovplyvniť množstvo mikróbov prenášaných vektormi, je dôležité pochopiť vzťah medzi bakteriálnymi spoločenstvami v oboch prostrediach a determinanty, ktoré ich formujú. Na porovnanie štruktúry bakteriálnych

Fenológia pelagických baktérií s vysokou nadmorskou výškou: úlohy meteorologickej variability, prítokov z povodia a tepelnej stratifikácie v štruktúrujúcich sa spoločenstvách

Fenológia pelagických baktérií s vysokou nadmorskou výškou: úlohy meteorologickej variability, prítokov z povodia a tepelnej stratifikácie v štruktúrujúcich sa spoločenstvách

abstraktné Mnoho eukaryotických spoločenstiev vykazuje predvídateľnú sezónnosť v druhovom zložení, ale takéto fenologické vzorce nie sú v bakteriálnych spoločenstvách dobre zdokumentované. Táto štúdia kvantifikovala sezónne rozdiely v zložení bakteriosplanktónu v komunite vo vysokohorskom jazere v pohorí Sierra Nevada v Kalifornii počas obdobia troch rokov 2004 - 2006. Bakterioplanktón vykazov

Svetlo indukované transkripčné reakcie spojené s rastom morských flavobaktérií zvýšeným proteorhodopsínom

Svetlo indukované transkripčné reakcie spojené s rastom morských flavobaktérií zvýšeným proteorhodopsínom

predmety Mikrobiálna biooceanografia Mikrobiálna ekológia fotobiológia Transkriptomika abstraktné Proteorhodopsín (PR) je fotoproteín, ktorý funguje ako protónová pumpa poháňaná svetlom v rôznych morských baktériách a Archaea. Posledné štúdie naznačujú, že PR môže zvyšovať rýchlosť rastu a výťažok niektorých flavobaktérií, ak sa pestujú za svetelných podmienok obmedzujúcich živiny. Priame zapojenie PR a metabolické úda

Koraly vylučujú baktérie ako potenciálny mechanizmus odolnosti voči obohateniu organickej hmoty

Koraly vylučujú baktérie ako potenciálny mechanizmus odolnosti voči obohateniu organickej hmoty

abstraktné Pochopenie mechanizmov odolnosti koralových útesov voči antropogénnym stresorom je kritickým krokom k zmierneniu ich súčasného globálneho úpadku. Združenia koralov a baktérií sú zásadné pre zdravie a choroby útesov, ale priame pozorovania týchto interakcií sú do značnej miery nepreskúmané. Tu používame novú tech

Diskriminačná detekcia a stanovenie mikrobiálneho života v morských podpovrchových sedimentoch

Diskriminačná detekcia a stanovenie mikrobiálneho života v morských podpovrchových sedimentoch

abstraktné Detekcia a stanovenie mikrobiálneho života v prírodných prostrediach poskytujú základné informácie o rozsahu biosféry na Zemi. Bolo však už dlho ťažké vyhodnotiť početnosť mikrobiálnych buniek v sedimentárnych biotopoch, pretože nešpecifické viazanie fluorescenčného farbiva a / alebo autofluorescencie z častíc sedimentu silne brzdí rozpoznávanie signálov pochádzajúcich z buniek. Tu uvádzame vysoko účinnú a ro

Mikroorganizmy pretrvávajú v rekordných hĺbkach v spodnej časti povodia rieky Canterbury

Mikroorganizmy pretrvávajú v rekordných hĺbkach v spodnej časti povodia rieky Canterbury

predmety Biooceanography Mikrobiálna ekológia Pôvodný článok bol uverejnený 16. januára 2014 Oprava: časopisu ISME (2014) 8 , 1370 - 1380; doi: 10, 1038 / ismej.2013.250; uverejnené online 16. januára 2014 Od uverejnenia tohto článku autori upozornili na to, že z tohto článku bolo vynechané prístupové číslo štúdie uložené v Sequence Read Archive. Prístupové číslo štúdie

Vnútrobunková replikačná nika pre Vibrio cholerae v amébe Acanthamoeba castellanii

Vnútrobunková replikačná nika pre Vibrio cholerae v amébe Acanthamoeba castellanii

predmety bakteriológie Mikrobiológia vody abstraktné Vibrio cholerae je ľudský patogén a pôvodca cholery. Pretrvávanie tejto baktérie vo vodnom prostredí je kľúčovým epidemiologickým problémom, pretože cholera sa prenáša kontaminovanou vodou. Dravé protisty, ako sú améby, sú hlavnými regulátormi bakteriálnych populácií v takýchto prostrediach. Preto sme skúmali interakci

Bakteriálna diverzita vo vzťahu k sekundárnej produkcii a sukcesii na povrchoch rias Laminaria hyperborea

Bakteriálna diverzita vo vzťahu k sekundárnej produkcii a sukcesii na povrchoch rias Laminaria hyperborea

predmety Bakteriálna sekrécia biodiverzita Ekológia lesa Mikrobiálna ekológia abstraktné Kelpské lesy na celom svete sú známe ako hotspoty pre makroskopickú biodiverzitu a prvovýrobu, ale o biodiverzite a úlohách mikroorganizmov v týchto ekosystémoch je známe len veľmi málo. Sekundárna produkcia heterotrofnými baktériami spojenými s kelp je dôležitá v potravinovom webe ako spojenie medzi primárnou produkciou kelp a spotrebiteľmi lesných chalúp. Cieľom tejto štúdie bolo pr

Diverzita a funkčná analýza génov luxS vo vibráciách z morských húb Mycale laxissima a Ircinia strobilina

Diverzita a funkčná analýza génov luxS vo vibráciách z morských húb Mycale laxissima a Ircinia strobilina

predmety biodiverzita Mikrobiálna biooceanografia Mikrobiálna ekológia symbióza abstraktné Špongie obsahujú veľmi rozmanité a husté mikrobiálne spoločenstvá, čím sa vytvára prostredie, v ktorom môže byť dôležitá bakteriálna signalizácia. Snímanie kvora (QS) je signalizačný proces závislý od hustoty buniek, ktorý baktérie využívajú na koordináciu a reguláciu svojej génovej expresie. Predchádzajúce štúdie zistili, že b

Systémový metabolizmus zmenenej Schaedlerovej flóry, kompletnej črevnej mikrobioty

Systémový metabolizmus zmenenej Schaedlerovej flóry, kompletnej črevnej mikrobioty

predmety baktérie Mikrobiálne spoločenstvá abstraktné Zmenená Schaedlerova flóra (ASF) je modelová mikrobiálna komunita s významom in vivo aj in vitro . Tu uvádzame prvú charakterizáciu komunity ASF in vitro , nezávisle od myšieho hostiteľa. Porovnali sme funkčný genetický obsah ASF s divými myšacími metagenomami a zistili sme, že ASF funkčne predstavuje divoké mikrobiómy lepšie ako náhodné konzorciá podobného taxonomického zloženia. Vyvinuli sme chemicky definovan

Aktívne heterotrofné baktérie viažuce dusík v a pod chemoklínom centrálneho Baltského mora

Aktívne heterotrofné baktérie viažuce dusík v a pod chemoklínom centrálneho Baltského mora

predmety Biooceanography Mikrobiálna ekológia abstraktné Baltské more dostáva veľké množstvo dusíka diazotrofickými (N2-fixujúcimi) heterocystóznymi cyanobaktériami, ale význam heterotrofnej fixácie N2 sa neskúmal. Tu sa skúmala diverzita, početnosť a transkripcia fragmentu nifH enzýmu dusíkázy v dvoch povodiach samotného Baltského mora. Fixácia N2 sa merala n

Fyziologické a vývojové štúdie NAP systémov v Shewanella piezotolerans WP3

Fyziologické a vývojové štúdie NAP systémov v Shewanella piezotolerans WP3

predmety Bakteriálny vývoj Bakteriálne gény Bakteriálna fyziológia abstraktné Väčšina druhov Shewanella obsahuje dve periplazmatické dusičnanové reduktázy (NAP-a a NAP-ß), čo je jedinečný znak tohto rodu. V tejto štúdii sa študovala fyziologická funkcia a vývojový vzťah dvoch systémov NAP v hlbinnej baktérii Shewanella piezotolerans WP3. Ukázalo sa, že obidva zhl

Vyššia diverzita a množstvo denitrifikačných mikroorganizmov v prostrediach, ako sa predtým uvažovalo

Vyššia diverzita a množstvo denitrifikačných mikroorganizmov v prostrediach, ako sa predtým uvažovalo

predmety Mikrobiológia pôdy abstraktné Denitrifikácia je dôležitým procesom v globálnom dusíkovom cykle. Gény kódujúce NirK a NirS (nirK a nirS), ktoré katalyzujú redukciu dusitanov na oxid dusnatý, sa používajú ako markerové gény na štúdium ekologického správania denitrifikátorov v prostrediach. Bežné priméry polymeráz

Priestorovo rozlíšené vzorkovanie odhaľuje dynamické mikrobiálne spoločenstvá v stúpajúcich hydrotermálnych oblakoch v povodí oblúka.

Priestorovo rozlíšené vzorkovanie odhaľuje dynamické mikrobiálne spoločenstvá v stúpajúcich hydrotermálnych oblakoch v povodí oblúka.

predmety biogeochemistry Mikrobiálna ekológia abstraktné V hydrotermálnych oblakoch pôsobia chemosyntetické procesy a mikrobiologické interakcie primárnu produktivitu v hlbokomorských potravinových sieťach a môžu ovplyvňovať transport prvkov, ako je železo. Zdroj mikroorganizmov v oblakoch a faktory, ktoré riadia spôsob, akým sa tieto spoločenstvá zhromažďujú, sú však zle pochopené, čiastočne kvôli nedostatku údajov zo skorých štádií tvorby oblaku. V tejto štúdii sme skúmali zložen

Signálne sprostredkované krížové rozhovory modulujú roj a tvorbu biofilmu v korálovom patogéne Serratia marcescens

Signálne sprostredkované krížové rozhovory modulujú roj a tvorbu biofilmu v korálovom patogéne Serratia marcescens

predmety Správanie zvierat baktérie Mikrobiálna biooceanografia symbióza abstraktné Interakcie v mikrobiálnych spoločenstvách spojené s morskými holobiontmi významne prispievajú k zdraviu týchto symbiotických organizmov tvorených bezstavovcami, dinoflagelátmi a baktériami. Mechanizmy, ktoré kontrolujú bezstavovce spojené mikrobioty, však ešte nie sú úplne objasnené. Hydrofóbne zlúčeniny, k

Živočíšne prostaglandíny v morských riasach

Živočíšne prostaglandíny v morských riasach

predmety Molekulárna ekológia Transkriptomika abstraktné Diatomy patria medzi najúspešnejších primárnych producentov v morskom a sladkovodnom prostredí. Pochádzajú zo sekundárnej endosymbiotickej udalosti, diatomy majú zmiešaný genóm obsahujúci bakteriálne, živočíšne a rastlinné gény kódujúce metabolické dráhy, ktoré môžu zodpovedať za ich evolučný úspech. Pri štúdiu transkriptov dvoch kme

Výrazná sezónnosť a veľká priestorová variabilita protistických spoločenstiev v plytkých sladkovodných systémoch

Výrazná sezónnosť a veľká priestorová variabilita protistických spoločenstiev v plytkých sladkovodných systémoch

predmety Mikrobiológia vody abstraktné Malé eukaryoty majú kľúčové úlohy vo vodných ekosystémoch, ktoré ovplyvňujú ich miestne prostredie, globálne biogeochemické cykly a klímu. Ich vplyv závisí od štruktúry komunity, ktorá sa v čase mení. Len veľmi málo štúdií však zohľadňuje časové rozdiely. Platí to najmä pre malé plytké s

Plesňové spoločenstvá z hlbokomorských morských sedimentov s obsahom metánu v Juhočínskom mori

Plesňové spoločenstvá z hlbokomorských morských sedimentov s obsahom metánu v Juhočínskom mori

abstraktné Na objasnenie plesňovej diverzity hlbokomorských morských sedimentov obsahujúcich hydrát metánu v Juhočínskom mori boli amplifikované a fylogeneticky analyzované interné transkribované spacerové (ITS) oblasti rRNA génov z piatich rôznych vzoriek DNA sedimentu. Celkom bolo skonštruovaných päť ITS knižníc a 413 klonov náhodne vybraných bolo zoskupených do 24 reštrikčných schém pomocou analýzy amplifikovanej ribozomálnej DNA (ARDRA). Stanovili sa ITS sekvencie 44

V kostre koralových kolónií existujú vysoko štruktúrované prokaryotické spoločenstvá

V kostre koralových kolónií existujú vysoko štruktúrované prokaryotické spoločenstvá

predmety biodiverzita Environmentálna mikrobiológia Mikrobiálna ekológia microbiome abstraktné Fyziologická výkonnosť, choroba a výskyt bielidla sú v jednotlivých koralových kolóniách často nerovnomerné. Tieto reakcie sú do značnej miery ovplyvnené mikróbmi spojenými s koralom, ale ako sa zmeny koralových mikróbov v malých priestorových mierkach nikdy predtým kvantifikovali. Uskutočnili sme kvantifi

Metabolická stopa epifytických baktérií na listoch Arabidopsis thaliana

Metabolická stopa epifytických baktérií na listoch Arabidopsis thaliana

predmety Arabidopsis thaliana metabolomiky Mikrobiálna ekológia Fyziológia rastlín abstraktné Fylofosfa, ktorá je definovaná ako časti pozemských rastlín nad zemou, je veľkým biotopom pre rôzne mikroorganizmy, ktoré vykazujú vysoký stupeň adaptácie na svoje prostredie. Kultúrne nezávislé funkčné genomické štúdie vytvorili množstvo hypotéz na vysvetlenie konkurencieschopnosti špecializovaných baktérií vo fylosfére. Naproti tomu údaje in situ na ú

Neobvyklá metabolická diverzita hyperalkalifilných mikrobiálnych spoločenstiev spojená s podzemnou serpentinizáciou v Cedaroch

Neobvyklá metabolická diverzita hyperalkalifilných mikrobiálnych spoločenstiev spojená s podzemnou serpentinizáciou v Cedaroch

predmety biodiverzita biogeochemistry abstraktné Voda z Cedarských prameňov, ktoré sa vypúšťajú zo serpentinizovaných ultramafických hornín, sa vyznačuje vysoko zásaditými (pH = ~ 12), vysoko redukčnými ( E h <-550 mV) podmienkami s nízkymi iónovými koncentráciami. Vďaka týmto podmienkam sú pramene mimoriadne náročné na celý život. Tu uvádzame metagenomické

Mixotrofické haptofyty sú kľúčovými bakteriálnymi pasienkami v oligotrofných pobrežných vodách

Mixotrofické haptofyty sú kľúčovými bakteriálnymi pasienkami v oligotrofných pobrežných vodách

predmety Biooceanography Mikrobiálna ekológia abstraktné Odhady rýchlosti pasenia naznačujú, že približne polovica bakterivóry v oligotrofných oceánoch je spôsobená mixotrofickými bičíkovcami (MF). Väčšina odhadov však považovala riasy za jednu skupinu. Zamerali sme sa na otvorenie čiernej skrinky fytoflagelátov (PF) <20 μm. Haptofyty, chlorofyty,

Tolerancia stresu v rastlinách prostredníctvom symbiózy prispôsobenej biotopu

Tolerancia stresu v rastlinách prostredníctvom symbiózy prispôsobenej biotopu

abstraktné Preukazujeme, že pôvodné druhy tráv z pobrežných a geotermálnych biotopov si vyžadujú symbiotické hubové endofyty pre znášanlivosť solí a tepla. Symbioticky udelená tolerancia voči stresu je fenomén špecifický pre daný biotop s geotermálnymi endofytmi, ktoré prepožičiavajú teplo, ale nie so soľou, a pobrežné endofyty, ktoré prepožičiavajú soľ, ale nie tepelnú toleranciu. Rovnaké druhy húb izolované z rast

Fungálna komunita pri rozklade vrhu listov podlieha rýchlym následným zmenám

Fungálna komunita pri rozklade vrhu listov podlieha rýchlym následným zmenám

predmety Ekológia ekosystémov Ekológia lesa Plesňová ekológia abstraktné Huby sa považujú za primárne rozkladače odumretej rastlinnej biomasy v suchozemských ekosystémoch. Súčasné vedomosti o postupných zmenách fungálnych spoločenstiev počas rozkladu odpadu sú však obmedzené. Tu sme skúmali vývoj fungálneho spoločenstva v priebehu 24 mesiacov rozkladu vrhu v miernom lese s dominantnou Quercus petraea pomocou 454-pyroekvenačného fungálneho interného transkribovaného spacera (ITS) a cellobiohydrolázy I ( cbhI ) génov, ktoré kódujú exocelulázy, na konkrétne sa zaoberajú rozkladačmi celulózy. Aby s

Baktérie obsahujúce magnetozómy žijúce ako symbionty lastúrnikov

Baktérie obsahujúce magnetozómy žijúce ako symbionty lastúrnikov

predmety metagenomiky symbióza abstraktné Baktérie obsahujúce magnetozómy (nanočastice magnetitu alebo greigitu viazané na bielkoviny) sú spoločné pre mnoho sedimentárnych biotopov, nikdy predtým však neboli nájdené v inom organizme. Tu uvádzame, že oktaedrálne inklúzie do extracelulárnych symbiontov morského lastúrnika Thyasira porovnaj. gouldi obsahujú žele

Hĺbková analýza morských bakteriálnych sietí naznačuje šírenie časových zmien smerom nadol

Hĺbková analýza morských bakteriálnych sietí naznačuje šírenie časových zmien smerom nadol

predmety Mikrobiálna ekológia abstraktné Interakcie medzi mikróbmi a stratifikácia v hĺbke sú považované za dôležité hnacie sily mikrobiálnych spoločenstiev, hoci vie sa len málo o tom, ako sa mikrobiálne asociácie líšia medzi hĺbkami a medzi nimi. Monitorovali sme voľne žijúcu mikrobiálnu komunitu na stanici San Pedro Ocean Time-series, mesačne, desať rokov, v piatich rôznych hĺbkach: 5 m, maximálna vrstva hlbokého chlorofylu, 150 m, 500 ma 890 m (tesne nad morské dno). Tu predstavujeme siete mikrob

Riadené zostavenie bakteriálneho kvora

Riadené zostavenie bakteriálneho kvora

predmety Aplikovaná mikrobiológia abstraktné Mnoho správ objasnilo mechanizmy a dôsledky snímania bakteriálneho kvora (QS), systému molekulárnej komunikácie, pomocou ktorého bakteriálne bunky vypočítavajú svoju hustotu buniek a organizujú kolektívne správanie. V niekoľkých prípadoch sa však uvádza počet baktérií, ktoré prejavujú toto kolektívne správanie, buď ako číselná koncentrácia, alebo ako zlomok celku. Napríklad nie všetky bunky v popu

Biologická dostupnosť železa pre fytoplanktón: empirický prístup

Biologická dostupnosť železa pre fytoplanktón: empirický prístup

predmety Biooceanography Mikrobiálna ekológia abstraktné Vo vodnom prostredí je fytoplanktón často obmedzený železom. Tu skúmame biologickú dostupnosť Fe pre fytoplanktón analyzovaním absorpcie železa z rôznych substrátov Fe niekoľkými druhmi fytoplanktónu pestovaného za podmienok obmedzenia Fe a porovnaním nameraných konštánt absorpčnej rýchlosti (rýchlosť vychytávania Fe / koncentrácia substrátu). Keď sa ako substrát Fe použij

Antagonizmus ovplyvňuje zhromažďovanie cechu Bacillus v miestnej komunite a je znázornený ako sieť potravinového reťazca

Antagonizmus ovplyvňuje zhromažďovanie cechu Bacillus v miestnej komunite a je znázornený ako sieť potravinového reťazca

predmety baktérie Potravinové siete abstraktné Pochopenie zásad, ktorými sa riadia zhromaždenia spoločenstiev, je ústredným cieľom ekológie. V prírodných podmienkach existuje obmedzený experimentálny dôkaz, ktorý ukazuje, že mikrobiálne zhromaždenie v komunitách je ovplyvnené antagonistickými interakciami. Analyzovali sme preto

Porovnávacia genomika dvoch ekotypov morského planktónového kopiotrofu Alteromonas macleodii naznačuje alternatívny životný štýl spojený s rôznymi druhmi časticových organických látok.

Porovnávacia genomika dvoch ekotypov morského planktónového kopiotrofu Alteromonas macleodii naznačuje alternatívny životný štýl spojený s rôznymi druhmi časticových organických látok.

abstraktné Alteromonas macleodii je obyčajná morská heterotrofná y-proteobaktéria. Izoluje sa z tohto mikrobiálneho klastra molekulovou analýzou na dve hlavné genotypové skupiny alebo ekotypy, z ktorých jedna sa nachádza v miernych zemepisných šírkach v hornom vodnom stĺpci a druhá, ktorá sa väčšinou nachádza v hlbokomorskom stĺpci Stredozemného mora. Tu popisujeme genóm je

Výrobcovia Rhizobitoxínu získavajú viac symbolu poly-3-hydroxybutyrátu v symbióze ako konkurenčné rhizobie, ale znižujú rast rastlín.

Výrobcovia Rhizobitoxínu získavajú viac symbolu poly-3-hydroxybutyrátu v symbióze ako konkurenčné rhizobie, ale znižujú rast rastlín.

abstraktné Sankcie proti strukovinám proti rhizóbii, ktoré fixujú menej dusíka, by mali vytvárať silný výber pre prospešnejšie genotypy rhizóbie, ale kmene poskytujúce malý prínos pre hostiteľa sú bežné. Jedným z dôvodov môže byť to, že niektorí rhizobia hostiteľa chemicky manipulujú, čo oslabuje účinnosť sankcií. Tu uvádzame, že príkladom takejt

Chemické dispergátory zvyšujú aktivitu morských baktérií degradujúcich ropné a plynové kondenzáty

Chemické dispergátory zvyšujú aktivitu morských baktérií degradujúcich ropné a plynové kondenzáty

predmety metagenomiky Mikrobiálna ekológia Sekvenovanie novej generácie Transkriptomika abstraktné Aplikácia chemických dispergačných činidiel na ropné škvrny v morskom prostredí je bežnou praxou na dispergovanie oleja do vodného stĺpca a stimuláciu biologickej odbúrateľnosti oleja zvýšením jeho biologickej dostupnosti pre pôvodné baktérie schopné prirodzene metabolizovať uhľovodíky. V súvislosti s únikom je z

Baktérie spôsobujúce nukleáciu ľadu pri zrážaní sú geneticky rôznorodé a kryštalizujú ľad použitím rôznych mechanizmov

Baktérie spôsobujúce nukleáciu ľadu pri zrážaní sú geneticky rôznorodé a kryštalizujú ľad použitím rôznych mechanizmov

predmety Mikrobiológia vzduchu bakteriológie biodiverzita abstraktné Rastúce množstvo nepriamych dôkazov svedčí o tom, že baktérie aktívne na báze ľadu (Ice + ) prispievajú k iniciácii zrážania heterológnym zamrznutím prechladenej vody v oblakoch. O koncentrácii baktérií Ice + v zrážkach, ich genetickej a fenotypovej diverzite a ich vzťahu k trajektóriám vzdušnej hmoty a chemii zrážok je však málo známe. V tejto štúdii sa vo Virginii v

Infekcia Yersinia pestis a laboratórne podmienky menia bakteriálne spoločenstvá spojené s blchami

Infekcia Yersinia pestis a laboratórne podmienky menia bakteriálne spoločenstvá spojené s blchami

predmety Bakteriálna odpoveď hostiteľa Bakteriálna infekcia Mikrobiálna ekológia abstraktné Zhromaždili sme Oropsylla montana z veveričiek skalných, Spermophilus varigatus a infikovali sme podmnožinu zozbieraných blšiek Yersinia pestis , etiologickým činiteľom moru. Na charakterizáciu bakteriálnych spoločenstiev divých, neinfikovaných kontrol a infikovaných blšiek sme použili pyroekvizíciu DNA označenú tyčinkami. Bakteriálne spoločenstvá v

Charakteristiky genómu všeobecnej morskej bakteriálnej línie

Charakteristiky genómu všeobecnej morskej bakteriálnej línie

predmety Evolučná ekológia Morská mikrobiológia Phylogenomics abstraktné Členovia morskej línie rodu Roseobacter boli charakterizovaní ako ekologickí generáli, čo naznačuje, že pri prideľovaní dobre vymedzených ekologických úloh a biogeochemických funkcií taxónu budú existovať problémy. Aby sa tento problém vy

Rozmanitosť protistov a baktérií určuje výkon a stabilitu predátorov

Rozmanitosť protistov a baktérií určuje výkon a stabilitu predátorov

predmety baktérie Potravinové siete Mikrobiálna ekológia abstraktné Predácia ovplyvňuje diverzitu a produktivitu koristi, zatiaľ čo ovplyvňuje tok a realokáciu organických živín do biomasy na vyšších trofických úrovniach. Nie je však známe, ako sú bakterivorózni protisti ovplyvňovaní rozmanitosťou ich bakteriálnej koristi. Použitím 456 mikrokozmov,

Fenotypová plasticita v heterotrofných morských mikrobiálnych spoločenstvách v kontinuálnych kultúrach

Fenotypová plasticita v heterotrofných morských mikrobiálnych spoločenstvách v kontinuálnych kultúrach

predmety Mikrobiálna ekológia abstraktné Fenotypová plasticita (PP) je vývoj alternatívnych fenotypov daného taxónu ako prispôsobenie podmienkam prostredia. Metodické obmedzenia obmedzili kvantifikáciu PP na meranie niekoľkých znakov v jednotlivých organizmoch. Na prekonanie týchto problémov a odhad PP pomocou metatranscriptomických knižníc sme použili exprimované gény viacerých heterotrofných organizmov ako zástupcu pre znaky v mikrobiálnej komunite. Meta-transkripty zachyti

Virocellový koncept a environmentálna mikrobiológia

Virocellový koncept a environmentálna mikrobiológia

predmety Environmentálna mikrobiológia virológie Veľký vírusový návrat Stanovenie vírusových častíc vo vzorkách prostredia pomocou fluorescenčnej elektrónovej mikroskopie a transmisnej elektrónovej mikroskopie naznačuje, že vírusy predstavujú najbohatšie biologické entity na našej planéte. Okrem toho metagenomic

Hojnosť, zloženie, diverzita a novosť pôdy Proteobaktérie

Hojnosť, zloženie, diverzita a novosť pôdy Proteobaktérie

abstraktné Prieskumy génov rRNA malých podjednotiek (16S) vytvárajúce takmer 16S rRNA klony v plnej dĺžke ponúkajú jedinečnú príležitosť na hĺbkovú fylogenetickú analýzu, aby sa zdôraznila šírka diverzity v rámci rôznych hlavných bakteriálnych fylov, ktoré sa vyskytujú v pôde. Táto štúdia ponúka podrobn

Prepojenia medzi rastlinnými a hubovými spoločenstvami v rámci chronického odlesňovania v amazonskom dažďovom pralese

Prepojenia medzi rastlinnými a hubovými spoločenstvami v rámci chronického odlesňovania v amazonskom dažďovom pralese

predmety biodiverzita Ekológia spoločenstva Plesňová ekológia Ekológia rastlín Korigendum k tomuto článku bolo uverejnené 24. júna 2014 Tento článok bol aktualizovaný abstraktné Porozumenie interakciám medzi mikrobiálnymi spoločenstvami, rastlinnými spoločenstvami a vlastnosťami pôdy po odlesňovaní by mohlo poskytnúť pohľad na dlhodobé účinky zmeny využívania pôdy na funkcie ekosystému a môže pomôcť identifikovať prístupy, ktoré podporujú obnovu poškodených miest. Kombinovali sme vysoko výkonné sekvenovani

Neočakávané genomické vlastnosti u rozšírených vnútrobunkových baktérií: dôkaz o motilite morských chlamydií

Neočakávané genomické vlastnosti u rozšírených vnútrobunkových baktérií: dôkaz o motilite morských chlamydií

predmety Bakteriálny vývoj Bakteriálna genomika symbióza abstraktné Chlamydie sú obligátne vnútrobunkové baktérie obsahujúce dôležité ľudské patogény a symbionty protistov. Molekulárny dôkaz naznačuje obrovskú rôznorodosť chlamýdií najmä v morskom prostredí, ale naše súčasné vedomosti sú založené najmä na predstaviteľoch pozemských sietí. Tu uvádzame prvé poznatky o biológii

Genomické poznatky o SAR86, hojnej a nekultivovanej morskej bakteriálnej línii

Genomické poznatky o SAR86, hojnej a nekultivovanej morskej bakteriálnej línii

abstraktné Baktérie v 16S rRNA Clade SAR86 patria medzi najhojnejšie nekultivované zložky mikrobiálnych agregátov v povrchovom oceáne, pre ktoré je v súčasnosti k dispozícii iba málo genomických informácií. Bioinformatické techniky sa použili na zostavenie dvoch takmer kompletných genómov z morských metagenomov a jednobunkové sekvenovanie poskytlo dva ďalšie parciálne genómy. Nábor metagenomických úd

Baktérie špecifické pre špongiu sú v rôznych morských prostrediach rozšírené (ale zriedkavé)

Baktérie špecifické pre špongiu sú v rôznych morských prostrediach rozšírené (ale zriedkavé)

predmety biodiverzita Morská mikrobiológia abstraktné Početné štúdie opisujú existenciu špongiou špecifických klastrov 16S ribozomálnej RNA (rRNA) génovej sekvencie, ktoré predstavujú baktérie nachádzajúce sa v špongiách, ale nezistené v iných prostrediach, ako napríklad v morskej vode. Nástup technológií hl

In situ expresia eukaryotických ľad viažucich proteínov v mikrobiálnych spoločenstvách arktického a antarktického morského ľadu

In situ expresia eukaryotických ľad viažucich proteínov v mikrobiálnych spoločenstvách arktického a antarktického morského ľadu

predmety Mikrobiálne spoločenstvá sekvenovania Mikrobiológia vody abstraktné Proteíny viažuce sa na ľad (IBP) boli izolované z rôznych organizmov morského ľadu. Ich charakterizácia poukazuje na zásadnú úlohu pri ochrane organizmov v prostredí pod nulou. Ich početnosť na mieste a rozmanitosť v mikrobiálnych spoločenstvách s morským ľadom sú však do značnej miery neznáme. V tejto štúdii sme analyzov

Evolučná analýza zefektívneného počtu riadkov povrchových oceánskych ružíkov

Evolučná analýza zefektívneného počtu riadkov povrchových oceánskych ružíkov

predmety Bakteriálna genomika Morská mikrobiológia fylogenetika abstraktné Prevažná väčšina povrchových morských baktérií je nekultivovaná. V porovnaní so svojimi kultivovanými príbuznými často vykazujú racionálny genóm, znížený obsah G + C a zreteľný génový repertoár. Tieto genomické vlastnosti sú relevantné pre prispôsobenie sa životnému prostrediu a vo všeobecnosti sa predpokladá, že sa stávajú pevnými v morských bakteriálnych populáciách prostredníctvom výberu. Pomocou jednobunkovej genomiky sme sekvencoval

Rozdielne príspevky oxidantov amoniaku a oxidov dusitanov k nitrifikácii na štyroch nelúpaných pôdach

Rozdielne príspevky oxidantov amoniaku a oxidov dusitanov k nitrifikácii na štyroch nelúpaných pôdach

predmety Mikrobiológia pôdy abstraktné Ryžové polia sa vyznačujú pravidelným zaplavovaním a dusíkatým hnojením, avšak funkčný význam aeróbnych oxidátorov amoniaku a oxidov dusitanov pri jedinečnom hospodárení v poľnohospodárstve je málo známy. V tejto štúdii uvádzame rozdielne príspevky amoniaku oxidujúcej archaea (AOA), baktérií (AOB) a dusitanov oxidujúcich baktérií (NOB) k nitrifikácii v štyroch nelúpaných pôdach z rôznych geografických oblastí (Zi-Yang (ZY), Jiang- Du (JD), Lei-Zhou (LZ) a Jia-Xing (JX)), ktoré sú predstaviteľmi ekosystémov ryže v Číne. V mikrokozmoch modifikovaných močovin

Biodiverzita bentických mikrobiálnych spoločenstiev v bioturbovaných pobrežných sedimentoch je riadená geochemickými mikronikami

Biodiverzita bentických mikrobiálnych spoločenstiev v bioturbovaných pobrežných sedimentoch je riadená geochemickými mikronikami

abstraktné Na riešenie toho, ako bioturbačná aktivita dvoch kôrovcov, strapcovitých kreviet Neotrypaea californiensis a kraba švajčiarskeho Uca crenulata , ovplyvňuje mikrobiálnu diverzitu v morskom dne pobrežnej lagúny (prístav Catalina, ostrov Santa Catalina, CA, USA). Na charakterizáciu parametrov prostredia sa vykonali podrobné geochemické analýzy vrátane kyslíkových mikrosenzorových meraní. Na porovnanie bakter

Zriedkavý fosmidový klon SAR11 potvrdzujúci genetickú variabilitu v genóme „Candidatus Pelagibacter ubique“

Zriedkavý fosmidový klon SAR11 potvrdzujúci genetickú variabilitu v genóme „Candidatus Pelagibacter ubique“

abstraktné Je opísaná sekvenčná analýza fosmidového klonu z pobrežnej morskej metagenomickej knižnice, ktorá obsahuje gén 16S rRNA s vysokou sekvenčnou podobnosťou s baktériou SAR11 „ Candidatus Pelagibacter ubique“ HTCC1062. Sekvencia fosmidového klonu bola dlhá 32 086 bp a obsahovala 23 187 bp 48-kb hyper-variabilnej oblasti 2 (HVR2) prítomnej v genóme Cand . P. ubique '. Pol

Genomická rekonštrukcia viacerých línií nekultivovanej bentickej archaea naznačuje odlišné biogeochemické úlohy a ekologické medzery

Genomická rekonštrukcia viacerých línií nekultivovanej bentickej archaea naznačuje odlišné biogeochemické úlohy a ekologické medzery

predmety Archaea Environmentálna mikrobiológia Mikrobiálna ekológia Korigendum k tomuto článku bolo uverejnené 21. marca 2017 abstraktné Z výrazných redoxných režimov v sedimentoch ústí rieky White Oak boli získané genomické koše patriace do viacerých archaálnych línií. Rekonštruované archaálne genómy sa identifikovali ako patriace do podskupín III a V klastrov ryže (RC-III, RC-V), Marine Benthic Group D (MBG-D) a novo opísanej archaealskej triedy Theionarchaea. Metabolické schopnosti tých

Významná fixácia CO2 malými prymnesiofytmi v subtropickom a tropickom severovýchodnom Atlantiku

Významná fixácia CO2 malými prymnesiofytmi v subtropickom a tropickom severovýchodnom Atlantiku

predmety Mikrobiálna biooceanografia Mikrobiálna ekológia Pôvodný článok bol uverejnený 15. apríla 2010 Oprava: časopisu ISME (2010) 4 , 1180 - 1192; doi: 10, 1038 / izmej.2010.36 Od uverejnenia tohto článku autori zistili, že jednotky pre mieru biomasy, ktoré sú spojené s fixáciou CO2, sú nesprávne (napríklad v tabuľke 2 a obrázku 4). Jednotky pre mieru f

Kompost z hroznových výliskov obsahuje organický dehalogenimonový respiračný druh s novými redukčnými dehalogenázovými génmi

Kompost z hroznových výliskov obsahuje organický dehalogenimonový respiračný druh s novými redukčnými dehalogenázovými génmi

predmety Aplikovaná mikrobiológia Sanácia znečistenia Mikrobiológia pôdy abstraktné Baktérie dýchajúce organohalidmi majú kľúčovú úlohu v prírodnom cykle chlóru; väčšina súčasných poznatkov je však založená na kultúrach z kontaminovaného prostredia. Ukazujeme, že kompost z hroznových výliskov bez predchádzajúceho vystavenia účinkom chlórovaných rozpúšťadiel obsahuje druhy Dehalogenimonas ( Dhgm ) schopné používať chlórované etény vrátane ľudského karcinogénu a obyčajného vinylchloridu (VC) ako akceptorov elektrónov. Mikrokozmy z hroznových výliskov a odvodené kultúry o

Alkalická fosfatáza PhoX je viac distribuovaná v morských baktériách ako klasická PhoA

Alkalická fosfatáza PhoX je viac distribuovaná v morských baktériách ako klasická PhoA

abstraktné Fosfor (P) je životne dôležitou živinou pre všetky živé organizmy a môže regulovať rast baktérií v oceáne. Baktérie indukujú alkalické fosfatázy, ak anorganický fosfát (P i ) nie je dostatočný na splnenie svojich požiadaviek na P, a preto sa na hodnotenie stavu P mikrobiálnych agregátov použili merania objemovej alkalickej fosfatázy. V tejto štúdii sa skúmala

Odolnosť podpovrchového ekosystému: dlhodobé oslabenie podpovrchových kontaminantov podporuje dynamickú mikrobiálnu komunitu

Odolnosť podpovrchového ekosystému: dlhodobé oslabenie podpovrchových kontaminantov podporuje dynamickú mikrobiálnu komunitu

abstraktné Sklon k ekosystémom podzemných vôd zotaviť sa z kontaminácie organickými chemikáliami (v tomto prípade odpad z uhoľného dechtu) je pre vedcov a technikov, ktorí riadia znečistené miesta, životne dôležitý. Mikrobiálne sprostredkované čistiace procesy sú tiež zaujímavé pre ekológov, pretože sú dôležitým mechanizmom odolnosti ekosystémov. V tejto štúdii uvádzame dlhodo

Rozdelenie zdrojov vo vzťahu k spolužitiu druhov Lactobacillus v myšacom lese

Rozdelenie zdrojov vo vzťahu k spolužitiu druhov Lactobacillus v myšacom lese

abstraktné Fylogenetická analýza črevných spoločenstiev stavovcov pokročila, ale vzťahy, najmä na trofickej úrovni, medzi komenzálmi, ktoré zdieľajú črevné biotopy monogastrických zvierat, sa v žiadnom rozsahu neskúmali. Kmeň Lactobacillus reuteri 100–23 a kmeň Lactobacillus johnsonii 100–33 v koleni myší. Podľa zásady vylúčenia vý

Pohľady na metabolizmus, životný štýl a predpokladanú evolučnú históriu nového archaealského kmeňa Diapherotrites

Pohľady na metabolizmus, životný štýl a predpokladanú evolučnú históriu nového archaealského kmeňa Diapherotrites

predmety Archaealská genomika abstraktné Archaealský kmeň „Diapherotrites“ bol nedávno navrhnutý na základe fylogenomickej analýzy genómov získaných z podzemných vodných tokov v opustenej banskej zóne zlata (baňa Homestake in Lead, SD, USA). Tu uvádzame podrobnú analýzu metabolických schopností a genomických vlastností troch jednoduchých amplifikovaných genómov (SAG) patriacich do skupiny „Diapherotrites“. Najkompletnejší zo SAG, Candida

Vysoká miera denitrifikácie a odstraňovania dusičnanov v studených priesakových sedimentoch

Vysoká miera denitrifikácie a odstraňovania dusičnanov v studených priesakových sedimentoch

predmety biofilmy biogeochemistry Mikrobiálna biooceanografia abstraktné Zmerali sme denitrifikáciu a rýchlosť odstraňovania dusičnanov v studených priesakových sedimentoch z Mexického zálivu. Miera heterotrofického potenciálneho denitrifikácie sa testovala v časových radoch inkubácií. Povrchové sedime

Prerušenie transportu koreňového uhlíka do lesného humusu stimuluje hubových oportunistov na úkor mykorrhizálnych húb.

Prerušenie transportu koreňového uhlíka do lesného humusu stimuluje hubových oportunistov na úkor mykorrhizálnych húb.

predmety Ekológia lesa Plesňová ekológia abstraktné V humusových vrstvách boreálnych lesov dominujú ektomykorhizné huby. Závisia od uhľohydrátov, ktoré sa translokujú cez korene, hubovým myceliom na mikrostránky v pôde, kde sa živia výživnými látkami. Mykorhizné huby sú preto citlivé na rušivé poruchy, ktoré môžu obmedziť ich prísun uhlíka. Prerušením koreňových spojení sm

Stres v biotopoch iniciuje zmeny v zložení, výmene plynov CO2 a alokácii C ako životných znakov v biologických pôdnych kôrach

Stres v biotopoch iniciuje zmeny v zložení, výmene plynov CO2 a alokácii C ako životných znakov v biologických pôdnych kôrach

predmety ekofyziologie Mikrobiológia pôdy abstraktné Biologické pôdne kôry (BSC) sú dominantnou funkčnou vegetačnou jednotkou v niektorých najdrsnejších biotopoch na svete. Hodnotili sme reakciu BSC na stres prostredníctvom zmien v biotickom zložení, výmene CO 2 a alokácii uhlíka v troch BSC s dominujúcim lišajníkom z biotopov s rôznymi úrovňami stresu, dvoch ďalších extrémnych lokalít v Antarktíde a jedného mierneho miesta v Nemecku. Maximálna čistá fotosyntéza (

Mikrobiálne mikrokozmy s kŕmením metánom vykazujú rozdielnu dynamiku komunity a určujú taxóny zapojené do reakcie na komunitu

Mikrobiálne mikrokozmy s kŕmením metánom vykazujú rozdielnu dynamiku komunity a určujú taxóny zapojené do reakcie na komunitu

predmety Mikrobiológia vody abstraktné Uvádzame pozorovania dynamiky bakteriálnych spoločenstiev v reakcii na metánový stimul pri inkubácii v laboratórnych mikrokozmoch pripravených so vzorkami jazerných sedimentov. Najprv sme zmerali taxonomické zloženie kultúr dlhodobého obohacovania a zistili sme, že hoci dominujú typy Methylococcaceae , tieto kultúry tiež obsahovali sprievodné typy patriace k obmedzenému počtu bakteriálnych taxónov, metylotrofov a nemetylotrofov. Potom sme sledovali kr

Prirodzená príťažlivosť zápachu medzi baktériami mliečneho kvasenia a nematódou Caenorhabditis elegans

Prirodzená príťažlivosť zápachu medzi baktériami mliečneho kvasenia a nematódou Caenorhabditis elegans

predmety Molekulárna ekológia abstraktné Zvierací predátori môžu sledovať korisť pomocou ich horlivého čuchu. Bakteriovorná nematódna Caenorhabditis elegans využíva citlivé čuchové senzorické neuróny, ktoré exprimujú receptory zápachu podobné stavovcom, aby lokalizovali baktérie. C. elegans prejavuje sp

Metatranscriptomické analýzy chlorofotrofov horúcej jarnej mikrobiálnej rohože

Metatranscriptomické analýzy chlorofotrofov horúcej jarnej mikrobiálnej rohože

predmety ekofyziologie Mikrobiálna ekológia fotosyntéza Transkriptomika abstraktné Fototrofická mikrobiálna matná komunita hubárskeho prameňa, alkalického kremičitého horúceho prameňa v národnom parku Yellowstone, bola študovaná metatranscriptomickými metódami. RNA bola extrahovaná zo vzoriek matrice odobratých v štyroch časových bodoch počas prechodov svetlo-tma a tma-svetlo v jednom dielčím cykle a tieto vzorky RNA boli analyzované technológiou pyroekvenacie a technológiou SOLiD. Pyrosekvenovanie sa použilo

Mikrobióm hlienu koralového povrchu má kľúčovú úlohu pri sprostredkovaní holobiontového zdravia a prežitia po poruche.

Mikrobióm hlienu koralového povrchu má kľúčovú úlohu pri sprostredkovaní holobiontového zdravia a prežitia po poruche.

predmety Mikrobiálna ekológia abstraktné Mikróby sú dobre známymi členmi koralového holobiontu. O krátkodobej dynamike mikrobiálnych spoločenstiev spojených s hlienom v prírodných podmienkach a po poruchách je však známe len málo a ako sa táto dynamika týka zdravia hostiteľa. Tu sme skúmali prirodzenú variabilitu prokaryotických komunít (založených na 16S ribozomálnom RNA génovom amplikónovom amplikóne) asociovaných s povrchovou hlienovou vrstvou (SML) Porites astreoides, druhu vykazujúceho cyklické hlienové starnutie a uvoľňovanie. Posuny v zložení prokaryotických sp

Hydrogenázový čip: obkladová oligonukleotidová DNA mikročipová technika na charakterizáciu vodíka produkujúcich a spotrebúvajúcich mikróby v mikrobiálnych komunitách

Hydrogenázový čip: obkladová oligonukleotidová DNA mikročipová technika na charakterizáciu vodíka produkujúcich a spotrebúvajúcich mikróby v mikrobiálnych komunitách

abstraktné Vyvinuli sme rozsiahlu metódu na identifikáciu kľúčových mikroorganizmov produkujúcich a konzumujúcich vodík prostredníctvom analýzy obsahu a expresie génov hydrogenázy v komplexných anaeróbnych mikrobiálnych komunitách. Táto metóda je založená na mikročipoch s oligonukleotidovou DNA oligonukleotidovou DNA génu pre hydrogenázu (Hydrogenase Chip), ktorá implementuje vysoký počet sond na gén obkladom sondových sekvencií cez požadované gény pri pokrytí 1, 67 × 2 x. Tento návrh podporuje vyhýbanie sa

Synbiotický prístup obnovuje črevnú homeostázu a predlžuje prežitie leukemických myší s kachexiou

Synbiotický prístup obnovuje črevnú homeostázu a predlžuje prežitie leukemických myší s kachexiou

predmety Črevné choroby microbiome abstraktné Rakovinová kachexia je multifaktoriálny syndróm, ktorý zahŕňa stratu svalov a zápal. Pretože črevné mikróby ovplyvňujú imunitu hostiteľa a metabolizmus, skúmali sme úlohu črevnej mikrobioty v terapeutickom manažmente rakoviny a súvisiacej kachexie. Analýza cekálneho mi

Evolučná konvergencia experimentálnych populácií Pseudomonas

Evolučná konvergencia experimentálnych populácií Pseudomonas

predmety Bakteriálna genetika biofilmy vývoj abstraktné Modelové mikrobiálne systémy poskytujú príležitosť porozumieť genetickým základom ekologických znakov, ich vývoju, regulácii a prispievaniu. Experimentálne populácie Pseudomonas fluorescens sa rýchlo líšia v priestorovo štruktúrovaných mikrokozmoch, ktoré produkujú škálu povrchovo kolonizujúcich foriem. Napriek odlišným molekulárn

Chyťte ma, či je to možné: rozptýlenie a hľadanie potravy Bdellovibrioacteriovorus 109J pozdĺž mycélia

Chyťte ma, či je to možné: rozptýlenie a hľadanie potravy Bdellovibrioacteriovorus 109J pozdĺž mycélia

predmety Mikrobiálne spoločenstvá Environmentálna mikrobiológia abstraktné V snahe vyrovnať sa s heterogénnymi prostrediami a distribúciou zdrojov vyvinuli vláknité huby priestorovo rozsiahly rast, ktorý ich hýfám umožnil preniknúť cez rozhrania vzduch - voda a prechádzať cez póry naplnené vzduchom. O takýchto mycéliac

Membránové vezikuly v prírodných prostrediach: hlavná výzva vo vírusovej ekológii

Membránové vezikuly v prírodných prostrediach: hlavná výzva vo vírusovej ekológii

predmety Mikrobiálna ekológia virológie Výroba extracelulárnych membránových vezikúl (ďalej nazývaných MV) je univerzálnym celulárnym rysom spoločným pre tri oblasti života (Deatherage and Cookson, 2012). Konkrétne je už desaťročia známe, že baktérie vrátane morských druhov produkujú MVs v laboratóriu, ale aj v biofilmoch alebo počas infekcií (Schooling and Beveridge, 2006; Deatherage a Cookson, 2012). Molekulárni ekológovia však

Adaptácia za studena regulovaná kryptickou excíziou proroka v Shewanella oneidensis

Adaptácia za studena regulovaná kryptickou excíziou proroka v Shewanella oneidensis

predmety Environmentálna mikrobiológia Mikrobiálna ekológia abstraktné Spomedzi environmentálnych stresov spôsobených baktériami sú teplotné posuny jedným z najdôležitejších. V tejto štúdii sme objavili nový mechanizmus prispôsobenia sa za studena v Shewanella oneidensis, ktorý sa vyskytuje na úrovni DNA a je regulovaný kryptickou excíziou. Predchádzajúce štúdie

Acetoclastic Methanosaeta je dominantným metanogénom v antarktických morských sedimentoch bohatých na organické látky

Acetoclastic Methanosaeta je dominantným metanogénom v antarktických morských sedimentoch bohatých na organické látky

predmety biogeochemistry abstraktné Napriek tomu, že väčšina sedimentárneho metánu predstavuje väčšinu, fyziológia a relatívny výskyt metanogénov pod povrchom zostávajú nedostatočne pochopené. Kombinovali sme neporušené techniky polárnych lipidov a metagenomov, aby sme lepšie obmedzili prítomnosť a funkcie metanogénov vo vysoko redukujúcich, organicky bohatých sedimentoch v adéliovej kotline Antarktídy. Zhromaždenie údajov o metag

Exopolysacharidové mikrokanály usmerňujú bakteriálnu motilitu a organizujú viacbunkové správanie

Exopolysacharidové mikrokanály usmerňujú bakteriálnu motilitu a organizujú viacbunkové správanie

predmety Mikrobiálne spoločenstvá abstraktné Myxobaktérie sú rodinou pôdnych baktérií, ktoré tvoria biofilmy zložitej architektúry, zarovnané viacvrstvové roje alebo plodové štruktúry tela, ktoré sú jednoduchými alebo rozvetvenými agregátmi obsahujúcimi myxospory. Tu sme skúmali štrukturálnu úlohu matricového exopolysacharidu (EPS) v organizácii týchto bakteriálnych buniek žijúcich na povrchu. Použitím časosběrnej svetelnej

Dynamika prenosu objavujúcej sa infekčnej choroby vo voľnej prírode prostredníctvom reprodukčných cyklov hostiteľa

Dynamika prenosu objavujúcej sa infekčnej choroby vo voľnej prírode prostredníctvom reprodukčných cyklov hostiteľa

predmety Chov zvierat Vírusová infekcia Vírusový prenos abstraktné Nové infekčné choroby sú hlavnou hrozbou pre populáciu voľne žijúcich živočíchov. Aby sme lepšie porozumeli dynamike týchto chorôb, skúmali sme, ako reprodukčné správanie hostiteľa a sezónne kolísanie teploty spôsobujú prenos infekcií medzi divými hostiteľmi, pomocou modelového systému chorôb cyprinidového herpesvírusu 3 (CyHV-3) u kapra obyčajného. Naše hlavné zistenia boli nasledujúc

Bakteriálna prestavba transkriptómu počas postupnej spoločnej kultivácie s morským dinoflagelátom a rozsievkou

Bakteriálna prestavba transkriptómu počas postupnej spoločnej kultivácie s morským dinoflagelátom a rozsievkou

predmety Biooceanography Mikrobiálna ekológia abstraktné Morský fytoplanktón vo svojej úlohe primárnych producentov moduluje heterotrofné bakteriálne aktivity prostredníctvom rozdielov v typoch a množstvách organických látok, ktoré uvoľňujú. Táto štúdia skúma transkripčnú odpoveď baktérie Ruegeria pomeroyi , člena kelu Roseobacter , o ktorom je známe, že je pridružený k rôznym skupinám fytoplanktónu v oceáne, počas posunu v taxonómii fytoplanktónu. Baktéria bola pôvodne zavedená do ku

Génom cielená metagenomika odhaľuje rozsiahlu rozmanitosť génov aromatickej dioxygenázy v prostredí

Génom cielená metagenomika odhaľuje rozsiahlu rozmanitosť génov aromatickej dioxygenázy v prostredí

abstraktné Pochopenie vzťahu medzi génovou diverzitou a funkciou dôležitých environmentálnych procesov je hlavným cieľom ekologického výskumu. Na gény aromatickej dioxygenázy sme použili metagenomiku zacielenú na gény a pyroekvizíciu, aby sme získali väčšiu hĺbku sekvencie, ako je možné inými spôsobmi. Sada primérov polymerázo

Preskúmanie jadier cytoplazmatických veľkých vírusov DNA v mikrobiálnych metagenomoch Tara Oceans

Preskúmanie jadier cytoplazmatických veľkých vírusov DNA v mikrobiálnych metagenomoch Tara Oceans

predmety metagenomiky Mikrobiálna biooceanografia abstraktné Nukleo-cytoplazmatické vírusy veľkej DNA (NCLDV) tvoria skupinu eukaryotických vírusov, ktoré môžu mať zásadné ekologické úlohy v mori zrýchlením obratu svojich jednobunkových hostiteľov alebo spôsobovaním chorôb u zvierat. Aby sme lepšie chara

Zachytenie najžiadanejších taxónov prostredníctvom krížových výberov

Zachytenie najžiadanejších taxónov prostredníctvom krížových výberov

predmety Aplikovaná mikrobiológia metagenomiky abstraktné Projekt Human Microbiome Project (HMP) identifikoval 16S rRNA génové sekvencie „najžiadanejších“ taxónov - prevládajúce v zdravej ľudskej mikrobiote, ale vzdialené od predtým známych sekvencií. Od roku 2012 bolo izolovaných a sekvenovaných len niekoľko zodpovedajúcich genómov, a to iba pomocou pokročilých metód izolácie. Ukazujeme, že genómy najžia

Vývoj metabolickej divergencie v Pseudomonas aeruginosa počas dlhodobej infekcie uľahčuje proto-kooperatívnu medzidruhovú interakciu

Vývoj metabolickej divergencie v Pseudomonas aeruginosa počas dlhodobej infekcie uľahčuje proto-kooperatívnu medzidruhovú interakciu

predmety Mikrobiálna ekológia abstraktné Účinok polymikrobiálnych interakcií na fyziológiu patogénov a to, ako môže pôsobiť, aby obmedzil kolonizáciu patogénov alebo zosilnil expanziu a virulenciu patogénov, nie je dobre známy. Pseudomonas aeruginosa a Staphylococcus aureus sú oportúnne patogény, ktoré sa bežne vyskytujú pri polymikrobiálnych ľudských infekciách. Už skôr sme však ukázali,

Včasná kolonizácia Escherichia coli vyvoláva prestavbu epitelu hrubého čreva potkana smerom k novému homeostatickému stavu.

Včasná kolonizácia Escherichia coli vyvoláva prestavbu epitelu hrubého čreva potkana smerom k novému homeostatickému stavu.

predmety hrubé črevo mikroflóry abstraktné Skúmali sme účinky skorých kolonizujúcich baktérií na epitel hrubého čreva. Izolovali sme dominantné baktérie, Escherichia coli , Enterococcus faecalis , Lactobacillus intestinalis , Clostridium innocuum a nový druh Fusobacterium spp., Z črevných obsahov konvenčných sacích potkanov a preniesli ich v rôznych kombináciách na dospelé potkany bez germany (GF). Zvieratá boli vyšetrova

Režim výživy reguluje komplexné použitie miesta začiatku transkripcie v génovom klastri Pseudoalteromonas chitinázy.

Režim výživy reguluje komplexné použitie miesta začiatku transkripcie v génovom klastri Pseudoalteromonas chitinázy.

abstraktné Klaster génov chitinázy morskej baktérie Pseudoalteromonas sp. S91, chiABC , ktorý produkuje hlavné chitinázy tejto sp., Bol transkribovaný ako operón a z každého jednotlivého génu. Zistilo sa , že chiA , chiB a chiC majú viac transkripčných počiatočných bodov (TSP), ktorých použitie bolo určené výživným režimom použitým pre rast S91. V minimálnom médiu obsahujúc

Rod Micromonospora je rozšírený v uzlinách strukovín: príklad Lupinus angustifolius

Rod Micromonospora je rozšírený v uzlinách strukovín: príklad Lupinus angustifolius

predmety Mikrobiálna ekológia Mikrobiológia pôdy symbióza abstraktné Naše súčasné znalosti o interakciách rastlín a mikróbov naznačujú, že populácie obývajúce hostiteľskú rastlinu sa neobmedzujú iba na jeden mikrobiálny druh, ale zahŕňajú niekoľko rodov a druhov. Nikto nevie, či komunity vo vnútri rastlín interagujú, a predpokladalo sa, že priaznivé účinky sú výsledkom ich kombinovaných aktivít. Počas ekologickej štúdie bakteriálnyc

Molekulárne sondy špecifické pre líniu odhaľujú novú diverzitu a ekologické rozdelenie haplosporidiánov

Molekulárne sondy špecifické pre líniu odhaľujú novú diverzitu a ekologické rozdelenie haplosporidiánov

predmety Biooceanography Mikrobiálna ekológia parazitológia abstraktné Haplosporidians sú rhizarian paraziti väčšinou morských bezstavovcov. Zahŕňajú pôvodcov chorôb komerčne dôležitých mäkkýšov, vrátane choroby MSX v ustriciach. Napriek ich významu pre potravinovú bezpečnosť je ich rozmanitosť a distribúcia málo známa. Použili sme kombináciu skupi

Snímanie kvora chráni bakteriálnu spoluprácu pred zneužívaním podvodníkmi

Snímanie kvora chráni bakteriálnu spoluprácu pred zneužívaním podvodníkmi

predmety Mikrobiálna ekológia abstraktné Snímanie kvora (QS) je komunikačný systém bunka-bunka, ktorý sa nachádza v mnohých bakteriálnych druhoch a bežne kontroluje vylučované znaky spolupráce, vrátane extracelulárnych tráviacich enzýmov. Ukazujeme, že kanonická regulačná architektúra QS umožňuje baktériám snímať genotypové zloženie populácií s vysokou hustotou a obmedzovať kooperatívne investície na sociálne prostredia obohatené o spolupracujúcich operátorov. Pomocou populácií oportunistického pato

Živiny riadia transkripčné zmeny, ktoré udržiavajú metabolickú homeostázu, ale menia architektúru genómu v mikrocystis

Živiny riadia transkripčné zmeny, ktoré udržiavajú metabolickú homeostázu, ale menia architektúru genómu v mikrocystis

predmety Sladkovodná ekológia Mikrobiálna ekológia Transkriptomika Korigendum k tomuto článku bolo uverejnené 23. septembra 2014 Tento článok bol aktualizovaný abstraktné Cyanobacterium Microcystis aeruginosa je globálne rozšírený kvetotvorný organizmus, ktorý degraduje sladkovodné systémy na celom svete. Faktory, ktoré ve

Život na hrane: funkčná genomická reakcia Ignicoccus Hospitalis na prítomnosť equanoí nanoarchaeum

Život na hrane: funkčná genomická reakcia Ignicoccus Hospitalis na prítomnosť equanoí nanoarchaeum

predmety Archaealská genomika Evolučná biológia Funkčná genomika Dynamika obyvateľstva abstraktné Morský hypertermofilný crenarchaeon Ignicoccus Hospitalis podporuje na svojom povrchu množenie nanoarchaeumských equitanov , evolučne tajomného archeologického nálezu , ktorý pripomína vysoko odvodené parazitické a symbiotické baktérie. Bunkové a molekulárn

Hľadanie jednotného pohľadu na kolonizáciu baktérií

Hľadanie jednotného pohľadu na kolonizáciu baktérií

predmety metagenomiky Mikrobiálna ekológia fylogenetika abstraktné Preskúmanie molekulárnych mechanizmov, ktoré sú základom bakteriálneho prechodu voda-pôda, predstavuje kritický začiatok smerom k lepšiemu porozumeniu fungovania a stability suchozemských ekosystémov. Tu vykonávame komplexné analýzy založené na veľkom množstve baktérií integráciou taxonomických, fylogenetických a metagenomických údajov, aby sme našli jednotný pohľad, ktorý objasňuje genomickú, evolučnú a ekologickú dynamiku morských progenitorov pri prispôsobovaní sa nekvastatickým prostrediam. Predpokladáme, že v bakteriálnej k

Použitie stabilnej sondy na izotopy na identifikáciu kľúčových mikroorganizmov redukujúcich železo zapojených do anaeróbnej degradácie benzénu

Použitie stabilnej sondy na izotopy na identifikáciu kľúčových mikroorganizmov redukujúcich železo zapojených do anaeróbnej degradácie benzénu

abstraktné Tu uvádzame podrobnú funkčnú a fylogenetickú charakterizáciu obohacovacej kultúry redukujúcej železo udržiavanej v laboratóriu s benzénom ako jediným zdrojom uhlíka a energie. Na identifikáciu mikróbov v obohatení najaktívnejšom pri asimilácii 13C-značky sme použili DNA-stabilné izotopové skúšanie. Keď sa ako porovnávacie s

Funkčný vzťah medzi Campylobacter concisus a ekosystémom žalúdka v zdraví a chorobe

Funkčný vzťah medzi Campylobacter concisus a ekosystémom žalúdka v zdraví a chorobe

predmety Mikrobiálna ekológia mikroflóry Naša skupina s veľkým záujmom čítala článok od Rosenvinge et al. (2013) o charakterizácii mikrobioty prítomnej v žalúdočnej tekutine pomocou 16S ribozomálnej DNA aj ribozomálnej RNA. Kyslosť žalúdka a proteolytické enzýmy pôsobia ako bariéra požitých mikróbov, čím ovplyvňujú mikrobiálnu ekológiu celého gastrointestinálneho traktu (GIT). Toto potvrdzujú zistenia von Rosen

Obvody na snímanie kvora riadené AHL: ich frekvencia a funkcia medzi proteínmi Proteobacteria

Obvody na snímanie kvora riadené AHL: ich frekvencia a funkcia medzi proteínmi Proteobacteria

Teraz je zrejmé, že baktérie využívajú regulačné systémy zvané kvorum sensing (QS) na snímanie hustoty ich populácie. Takéto systémy sú závislé od produkcie signalizačných molekúl, ktoré aktivujú špecifické gény, keď signál dosiahne kritickú prahovú koncentráciu. Takéto gény regulované QS produkujú fenotypy, ktoré vyžadujú koordinované správanie, aby sprostredkovali konkurenčnú výhodu pre obyvateľstvo (ako je tvorba biofilmu a patogenéza). Najlepšie charakterizovaný systém QS je te

Biogeografia a diverzita Collodaria (Radiolaria) v globálnom oceáne

Biogeografia a diverzita Collodaria (Radiolaria) v globálnom oceáne

predmety biodiverzita Mikrobiálna biooceanografia abstraktné Collodaria sú heterotrofné morské protisty, ktoré existujú buď ako veľké kolónie zložené zo stoviek buniek alebo ako veľké solitérne bunky. Všetky doteraz popísané druhy obsahujú intracelulárne mikro riasy ako fotoymiony. Aj keď nedávne prie

Molekulárny dôkaz obmedzenia a dostupnosti železa v globálnom diazotropnom Trichodesmium

Molekulárny dôkaz obmedzenia a dostupnosti železa v globálnom diazotropnom Trichodesmium

predmety Bakteriálna fyziológia biogeochemistry Mikrobiálna biooceanografia Molekulárny vývoj abstraktné Aktivita cyanobakteriálneho rodu Trichodesmium fixujúceho N2 je kritická pre globálne cykly dusíka (N) a uhlíka (C). Aj keď sa ukázalo, že železo (Fe) je dôležitým prvkom obmedzujúcim rast a fixáciu N2 Trichodesmium , neexistujú žiadne konkrétne údaje preukazujúce vplyv Fe na Trichodesmium in situ . Preskúmali sme populácie

Produkcia siderofóru a tvorba biofilmu ako prepojené sociálne črty

Produkcia siderofóru a tvorba biofilmu ako prepojené sociálne črty

abstraktné Virulencia patogénnych mikróbov môže závisieť od individuálnych buniek spolupracujúcich pri spoločnej produkcii molekúl, ktoré uľahčujú kolonizáciu alebo využitie hostiteľa. Spolupracujúce skupiny však môžu využívať sociálni deflátori alebo „podvodníci“. Pochopenie ekológie a vývoja spolupráce je preto dôležité pre klinickú mikrobiológiu. Študovali sme dva geneticky spojené ko

Charakterizácia zmiešanej dynamiky mikrobiálnej populácie pomocou analýzy časových radov

Charakterizácia zmiešanej dynamiky mikrobiálnej populácie pomocou analýzy časových radov

abstraktné V dôsledku všeobecného nedostatku údajov o časovej populácii zostávajú dynamické štruktúry v mikrobiálnych komunitách do značnej miery nepreskúmané. Znalosť dynamiky komunity je však nevyhnutná pre pochopenie mechanizmov, ktorými mikróby interagujú. Tu sme použili výpočtový prístup na kvantifikáciu baktérií v multispecies populáciách, generovanie údajov pre modelovanie časových radov. Okrem toho sme použili online FR-I

Priama analýza génovej expresie tfdA pôvodnými baktériami v fenoxykyseline upravenej poľnohospodárskej pôde

Priama analýza génovej expresie tfdA pôvodnými baktériami v fenoxykyseline upravenej poľnohospodárskej pôde

abstraktné Expresia funkčného génu tfdA, ktorý sa podieľa na degradácii fenoxyoctových kyselín, ako je kyselina 2, 4-dichlórfenoxyoctová (2, 4-D) a kyselina 4-chlór-2-metylfenoxyoctová (MCPA), bola skúmaná počas degradačných scenárov v prirodzených vzorkách nezasiatych pôd. Výsledky ilustrujú, ako je analýza založená na mediátorovej RNA (mRNA) vhodná na kvantitatívne štúdium aktivity špecifických mikrobiálnych populácií v pôde s použitím biodegradácie kyseliny fenoxyoctovej ako modelového systému. Prostredníctvom kvantitatívnej PCR v reál

Porovnávacia genomika patogénnych línií Vibrio nigripulchritudo identifikuje rysy spojené s virulenciou

Porovnávacia genomika patogénnych línií Vibrio nigripulchritudo identifikuje rysy spojené s virulenciou

predmety Bakteriálna patogenéza Porovnávacia genomika DNA rekombinácia fylogenetika abstraktné Vibrio nigripulchritudo je objavujúcim sa patogénom kreviet chovaných v Novej Kaledónii a ďalších oblastiach Indo-tichomorského regiónu. Molekulárne determinanty V. nigripulchritudo patogenicity nie sú známe; molekulárne epidemiologické štúdie však naznačujú, že patogenita súvisí s konkrétnymi líniami. Tu sme vykonali vysoko výko